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【求助】用什么软件可以建立细胞膜嵌套蛋白质体系模型
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chinayhb
金虫
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[交流]
【求助】用什么软件可以建立细胞膜嵌套蛋白质体系模型
我现在想做细胞膜嵌套蛋白质的分子模拟,可是模型建立不知道用什么方法好,希望高手指导。我试了试VMD,觉得不怎么好用啊,还要手动拖拉蛋白质分子去重叠POPC膜,这样做准确吗?
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1楼
2010-12-02 09:12:50
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douwenhui
金虫
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9楼
:
Originally posted by
qzhaosdu
at 2010-12-03 12:32:19
抱歉,我找了半天也没找到那个文档。。。给你个网址你自己看吧。。。
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html
另外楼上说的那个NAMD的膜蛋白教程 ...
您好 我想用VMD将一个蛋白质嵌入到膜中,能不能请教一下过程
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11楼
2016-03-07 16:40:44
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wally8962
木虫
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-02 13:42:39
chinayhb(金币+5): 2010-12-02 15:08:36
现在还没有很方便的法子。
非常依赖经验。
用vmd也不至于用手拖,可以用命令或者写脚本程序。
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2楼
2010-12-02 13:37:20
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chinayhb
金虫
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Originally posted by
wally8962
at 2010-12-02 13:37:20:
现在还没有很方便的法子。
非常依赖经验。
用vmd也不至于用手拖,可以用命令或者写脚本程序。
用VMD的脚本命令和程序是不是可以下载到,你有吗,能不能给我传一份?
VMD的时候需要生成蛋白质的psf文件,有的原子说不能参数化是怎么回事,好像是删除后才能继续,怎么办
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3楼
2010-12-02 15:14:47
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zyj8119
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chinayhb(金币+1): 2010-12-03 08:42:34
引用回帖:
Originally posted by
chinayhb
at 2010-12-02 09:12:50:
我现在想做细胞膜嵌套蛋白质的分子模拟,可是模型建立不知道用什么方法好,希望高手指导。我试了试VMD,觉得不怎么好用啊,还要手动拖拉蛋白质分子去重叠POPC膜,这样做准确吗?
packmol可以吗?
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4楼
2010-12-02 15:55:04
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