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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】用什么软件可以建立细胞膜嵌套蛋白质体系模型
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chinayhb

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用什么软件可以建立细胞膜嵌套蛋白质体系模型

我现在想做细胞膜嵌套蛋白质的分子模拟，可是模型建立不知道用什么方法好，希望高手指导。我试了试VMD，觉得不怎么好用啊，还要手动拖拉蛋白质分子去重叠POPC膜，这样做准确吗?
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1楼2010-12-02 09:12:50
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-02 22:13:30
chinayhb(金币+2): 2010-12-03 08:42:46
引用回帖:
Originally posted by chinayhb at 2010-12-02 15:14:47:


用VMD的脚本命令和程序是不是可以下载到，你有吗，能不能给我传一份？
VMD的时候需要生成蛋白质的psf文件，有的原子说不能参数化是怎么回事，好像是删除后才能继续，怎么办

你到namd网站去下一个mem protein的tutorial，学了之后基本上就会了。

不能参数化是你用的参数文件中没有你的pdb中的原子类型。一个个去检查 吧
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6楼2010-12-02 20:49:18
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-02 13:42:39
chinayhb(金币+5): 2010-12-02 15:08:36
现在还没有很方便的法子。
非常依赖经验。
用vmd也不至于用手拖，可以用命令或者写脚本程序。
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2楼2010-12-02 13:37:20
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chinayhb

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-12-02 13:37:20:
现在还没有很方便的法子。
非常依赖经验。
用vmd也不至于用手拖，可以用命令或者写脚本程序。

用VMD的脚本命令和程序是不是可以下载到，你有吗，能不能给我传一份？
VMD的时候需要生成蛋白质的psf文件，有的原子说不能参数化是怎么回事，好像是删除后才能继续，怎么办
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3楼2010-12-02 15:14:47
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zyj8119

木虫 (著名写手)
chinayhb(金币+1): 2010-12-03 08:42:34
引用回帖:
Originally posted by chinayhb at 2010-12-02 09:12:50:
我现在想做细胞膜嵌套蛋白质的分子模拟，可是模型建立不知道用什么方法好，希望高手指导。我试了试VMD，觉得不怎么好用啊，还要手动拖拉蛋白质分子去重叠POPC膜，这样做准确吗?

packmol可以吗？
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4楼2010-12-02 15:55:04
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