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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何做二肽的pdb和psf文件，望高手赐教，急急。
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liudiwen

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1楼2012-05-20 17:09:40
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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-20 19:28:12
参考NAMD手册 第4章 Creating PSF Structure Files
然后再上NAMD官方网站，查看里面的教程，里面很多例子都有制作PSF文件的过程
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-20 18:52:10
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liudiwen

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3楼2012-05-20 19:35:09
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-20 22:47:58
引用回帖:
3楼: Originally posted by liudiwen at 2012-05-20 19:35:09:
还是不会啊。

给你发个示例：

package require psfgen   
topology top_all27_prot_lipid.rtf
  
segment L1 {pdb spc.pdb}   
coordpdb spc.pdb L1   
guesscoord   
writepdb spc0.pdb   
writepsf spc0.psf
   
这个tcl脚本是制作sp-c蛋白分子的PSF文件，需要的输入文件时拓扑（top_all27_prot_lipid.rtf）和 spc.pdb
在vmd里可以直接运行
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4楼2012-05-20 20:38:15
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liudiwen

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5楼2012-05-20 22:19:38
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-20 22:48:52
liudiwen: 金币+5 2012-05-21 09:48:25
恕我冒犯：VMD点鼠标能完成的一切操作，都可以用脚本来完成。
随着你学习的深入，你会喜欢上用脚本。

建议你学习的时候，求教方法，而不要希望别人直接帮你把 你想要的结果给你，不然下次你导师给你另外一个分子，你又不会做了。
仔细钻研手册，你会学到更多。
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6楼2012-05-20 22:30:04
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