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1楼2012-05-20 17:09:40

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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-20 19:28:12

参考NAMD手册第4章 Creating PSF Structure Files
然后再上NAMD官方网站，查看里面的教程，里面很多例子都有制作PSF文件的过程

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2楼2012-05-20 18:52:10

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liudiwen

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3楼2012-05-20 19:35:09

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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-20 22:47:58

引用回帖:

3楼: Originally posted by liudiwen at 2012-05-20 19:35:09:
还是不会啊。

给你发个示例：

package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.rtf

segment L1 {pdb spc.pdb}
coordpdb spc.pdb L1
guesscoord
writepdb spc0.pdb
writepsf spc0.psf

这个tcl脚本是制作sp-c蛋白分子的PSF文件，需要的输入文件时拓扑（top_all27_prot_lipid.rtf）和 spc.pdb
在vmd里可以直接运行

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4楼2012-05-20 20:38:15

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