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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 里生成pdb文件的命令
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)

[求助] amber 里生成pdb文件的命令 已有2人参与

我想看看跑完平衡后的结构，但是没有pdb文件，只有rst文件，看教程里说用AMBERHOME/bin/ambpdb -p polyAT_wat.prmtop < polyAT_wat.inpcrd > polyAT_wat.pdb，但是我输入后没有反应，怎么回事？能不能在跑平衡的脚本里加上一些关键词什么的，让它算完后，把最后一帧的结构转化为pdb格式的文件？
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1楼 2014-07-07 19:16:37
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面麻控

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by chaohao2010 at 2016-03-03 09:28:51
不知道你问题解决了吗，可以用cpptraj导出的，不管rst还是crd文件都行。

求问怎么做的啊，新手刚开始用amber

发自小木虫IOS客户端
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9楼2017-07-22 09:09:37
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