| 查看: 1625 | 回复: 5 | ||
[求助]
Gromacs做steep之后做cg出错
|
|
我在做最陡下降法优化mdrun之后想进行一次共轭梯度优化，出现了下面错误： ERROR: can not do Conjugate Gradients with constraints (14556) 而我的em_cg.mdp中写了constrains = none，请问高手们这个错误时怎么回事呀？ ps：我的输入命令如下： grompp -f em.mdp -c 1omb_b4em.gro -p 1omb.top -o 1omb_em.tpr nohup mdrun -s 1omb_em.tpr -o 1omb_em.trr -c 1omb_b4pr.gro -g em.log -e em.edr & grompp -f em_cg.mdp -c 1omb_b4em.gro -p 1omb.top -o 1omb_em.tpr nohup mdrun -s 1omb_em.tpr -o 1omb_em.trr -c 1omb_b4pr.gro -g em.log -e em.edr & 我的em.mdp em_cg.mdp分别如下： em.mdp: title = fws cpp = /usr/bin/cpp define = -DFLEXIBLE constraints = none integrator = steep dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 500 nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes emtol = 1000.0 emstep = 0.01 em_cg.mdp: title = fws cpp = /usr/bin/cpp define = -DFLEXIBLE constraints = none integrator = cg dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 3000 nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes emtol = 1000.0 emstep = 0.01 |
回复此楼» 猜你喜欢
人气不行了
已经有9人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有6人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有5人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有19人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有21人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有16人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有21人回复
-
估计是周四
已经有4人回复
-
我面上完蛋了
已经有9人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- gromacs 运行pdb2gmx中出错，pdb2gmx: error while loading shared libraries
已经有3人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- 【讨论】gromacs电荷不为整数
已经有6人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
已经有7人回复
2楼2011-05-18 09:47:02
| 再顶一下 |
3楼2011-05-18 09:47:14
4楼2011-05-18 19:21:39
5楼2011-05-21 11:48:42
6楼2011-05-22 23:44:46
20