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Gromacs做steep之后做cg出错
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我在做最陡下降法优化mdrun之后想进行一次共轭梯度优化，出现了下面错误： ERROR: can not do Conjugate Gradients with constraints (14556) 而我的em_cg.mdp中写了constrains = none，请问高手们这个错误时怎么回事呀？ ps：我的输入命令如下： grompp -f em.mdp -c 1omb_b4em.gro -p 1omb.top -o 1omb_em.tpr nohup mdrun -s 1omb_em.tpr -o 1omb_em.trr -c 1omb_b4pr.gro -g em.log -e em.edr & grompp -f em_cg.mdp -c 1omb_b4em.gro -p 1omb.top -o 1omb_em.tpr nohup mdrun -s 1omb_em.tpr -o 1omb_em.trr -c 1omb_b4pr.gro -g em.log -e em.edr & 我的em.mdp em_cg.mdp分别如下： em.mdp: title = fws cpp = /usr/bin/cpp define = -DFLEXIBLE constraints = none integrator = steep dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 500 nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes emtol = 1000.0 emstep = 0.01 em_cg.mdp: title = fws cpp = /usr/bin/cpp define = -DFLEXIBLE constraints = none integrator = cg dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 3000 nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes emtol = 1000.0 emstep = 0.01 |
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2楼2011-05-18 09:47:02
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