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patent至尊木虫 (正式写手)
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[求助]
gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
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我做一蛋白/配体复合物的动力学，用gromacs, em.mdp文件有如下设置： rlist =0.2 rcoulomb =0.2 rvdw =0.2 由于蛋白和配体距离太近，故做如此设置，若将值设大点，如0.5或1.0，蛋白会变形或配体远离蛋白，故必须这样设置。 但运行能量优化时，提出如下： steepest descents converged to machine precision in 56 steps ,but did not reach the requested Fmax<1000 用共轭梯度法也是如此， 运行位置限制性模拟（pr md）时，提示如下： 1－4interaction between 310 and 318 at distance 3.887 which is larger than the 1-4 table size 1.2nm 请问如何解决以上三个问题，谢谢！！！ |
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5楼2012-11-29 14:31:37
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