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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » topol文件不识别小分子
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] topol文件不识别小分子 已有1人参与

最近刚刚学gromacs，按照网上的tutorial步骤走遇到一个问题就是我要添加我的小分子到pdb2gmx产生的conf.gro文件，我按照网上的tutorial添加需要的文件之后，还是不识别我的小分子，怎么办？我把topol文件里面的分子数手动修改之后，就出现下面的错误了
NOTE 1 [file topol.top, line 10673]:
  System has non-zero total charge: 6.000001e+00
  


Warning: atom name 1694 in topol.top and solv.gro does not match (CAA - AA)
Warning: atom name 1695 in topol.top and solv.gro does not match (CAG - AG)
Warning: atom name 1696 in topol.top and solv.gro does not match (CAH - AH)
Warning: atom name 1697 in topol.top and solv.gro does not match (CAJ - AJ)
Warning: atom name 1698 in topol.top and solv.gro does not match (CAF - AF)
Warning: atom name 1699 in topol.top and solv.gro does not match (HAG - AG)
Warning: atom name 1700 in topol.top and solv.gro does not match (CAD - AD)
Warning: atom name 1701 in topol.top and solv.gro does not match (HAE - AE)
Warning: atom name 1702 in topol.top and solv.gro does not match (CAC - AC)
Warning: atom name 1703 in topol.top and solv.gro does not match (HAD - AD)
Warning: atom name 1704 in topol.top and solv.gro does not match (CAE - AE)
Warning: atom name 1705 in topol.top and solv.gro does not match (HAF - AF)
Warning: atom name 1706 in topol.top and solv.gro does not match (CAI - AI)
Warning: atom name 1707 in topol.top and solv.gro does not match (OAB - AB)
Warning: atom name 1708 in topol.top and solv.gro does not match (HAL - AL)

WARNING 1 [file topol.top, line 10673]:
  15 non-matching atom names
  atom names from topol.top will be used
  atom names from solv.gro will be ignored



NOTE 2 [file topol.top]:
  The largest charge group contains 11 atoms.
  Since atoms only see each other when the centers of geometry of the charge
  groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge
  groups can lead to serious cut-off artifacts.
  For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms.
  For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc.

Analysing residue names:
There are:   163    Protein residues
There are:     1      Other residues
There are: 10445      Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 67791.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.354, 0.287 nm
Largest charge group radii for Coulomb:       0.354, 0.287 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 72x72x72, spacing 0.109 0.109 0.109
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.37
This run will generate roughly 383 Mb of data

There were 2 notes

There was 1 warning
这个怎么办？
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1楼 2011-12-05 10:20:41
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ti_pn

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-30 22:28:14
蓝紫色玻璃心(金币+1): 2011-12-31 08:53:56
Warning存在的问题：你在top文件里面的分子的排例顺序与gro文件出现的顺序不一样，所以会这样。举个例子，如果你的体系有两种物种A与B.A有10个原子组成（A1,....A10），B有5个原子组成(B1,....B5).
在拓扑文件里面，若你是这样写的话：
[ molecules ]
A    10
B     10
那么，你的gro文件里面的顺序也必须是：先写10个A分子的坐标，然后再写10B分子的坐标。这样，才能一一对应。
如果你的gro文件是先写10B分子，然后再写10A分子的话，那么，前50个原子都会对不上号，即A1--B1,这样的mismatching的现像。假如这个时候，你忽略这个warning(-maxwarn 来忽略)，那么，就按top文件这个顺序走下去，显然会出现错误。
结论是：你再检查一下你的top与gro有没有一一对应。
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2楼2011-12-30 21:39:53
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
蓝紫色玻璃心(金币+1): 2011-12-31 08:59:40
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-12-31 17:51:48
There was 1 warning
这个warning可以忽略不管，因为：
atom names from topol.top will be used
  atom names from solv.gro will be ignored
我在做模拟的时候，也遇到过类似的问题，这个warning忽略掉不会影响。在后续的模拟中，就不会提示了。

There were 2 notes
第一个notes的意思是你的体系没有电中性，你的 系统带有6e个电荷
因此你需要给系统添加  -6e个电荷
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3楼2011-12-30 22:32:15
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-31 17:52:05
引用回帖:
楼: Originally posted by ti_pn at 2011-12-30 21:39:53:
Warning存在的问题：你在top文件里面的分子的排例顺序与gro文件出现的顺序不一样，所以会这样。举个例子，如果你的体系有两种物种A与B.A有10个原子组成（A1,....A10），B有5个原子组成(B1,....B5).
在拓扑文件里 ...

这个warning，我试了两种方法，一种是没管他，后面好像也没有提示错误；另一种是一个一个修改了，然后后面也顺利。所以我就没有管了，就接着做下去了。而且我觉得这种提示给我的感觉好像是命名方法不一致造成的，我修改的时候，感觉好像都是少了一个C，所以我觉得应该不是顺序的问题吧，我也不是很清楚，但是后面的字母都是一样的，只有前面的少了个字母......
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4楼2011-12-31 08:59:14
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ti_pn

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 蓝紫色玻璃心 at 2011-12-31 08:59:14:
这个warning，我试了两种方法，一种是没管他，后面好像也没有提示错误；另一种是一个一个修改了，然后后面也顺利。所以我就没有管了，就接着做下去了。而且我觉得这种提示给我的感觉好像是命名方法不一致造成的， ...

是的，这种可能性也有。
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5楼2011-12-31 19:59:32
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juanjuan0618

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你好，请问下你，这个NOTE2是怎么解决的呢？  
我现在也遇到这个问题，多谢啦
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6楼2014-03-07 19:44:22
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by juanjuan0618 at 2014-03-07 19:44:22
你好，请问下你，这个NOTE2是怎么解决的呢？  
我现在也遇到这个问题，多谢啦

看看你的top是怎么写的，有没有把几个原子写入一个char group
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gromacs
7楼2014-03-07 19:52:02
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juanjuan0618

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fangsteel at 2014-03-07 19:52:02
看看你的top是怎么写的，有没有把几个原子写入一个char group...

我写的丙烷的全原子分子，总共有11个原子，我把它写成一个charge group和3个charge group  都出现这个问题
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8楼2014-03-07 21:18:30
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-09 10:10:59
引用回帖:
8楼: Originally posted by juanjuan0618 at 2014-03-07 21:18:30
我写的丙烷的全原子分子，总共有11个原子，我把它写成一个charge group和3个charge group  都出现这个问题...

试试把每个原子写成一个char group
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gromacs
9楼2014-03-08 13:48:51
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