24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zhangfan2192

金虫 (著名写手)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 1007.3
散金: 62
红花: 3
帖子: 1170
在线: 171.3小时
虫号: 648132
注册: 2008-11-07
性别: GG
专业: 理论和计算化学

[求助] GROMACS 小分子top文件

刚装好了gromacs，想找个小分子练练手，可是在准备top文件时卡住了，希望高手给点提示。遇到的问题如下：

我尝试的小分子是：HO-CH2-CH2-NH2(MEA)，按照网上的方法在PROGRG网站上画好分子式，生成了一系列文件。然后下载了其中的itp文件并命名为MEA.itp,复制坐标文件为MEA.gro,并手动写了MEA.top文件内容如下：
; Include forcefield parameters
#include "amber03.ff/forcefield.itp"
#include "MEA.itp"

[ system ]
MEA test

[ molecules ]
MEA 1

MEA.gro 文件如下：
PRODRG COORDS
12
1DRG  OAB    1  -1.377 1.841  -4.876
1DRG  HAB    2  -1.396 1.828  -4.974
1DRG  CAD    3  -1.497 1.879  -4.809
1DRG  HAE    4  -1.572 1.801  -4.821
1DRG  HAF    5  -1.528 1.976  -4.847
1DRG  CAC    6  -1.466 1.898  -4.660
1DRG  HAC    7  -1.435 1.801  -4.622
1DRG  HAD    8  -1.391 1.976  -4.649
1DRG  NAA    9  -1.587 1.937  -4.587
1DRG  HAG    10  -1.621 2.024  -4.622
1DRG  HAH    11  -1.564 1.949  -4.490
1DRG  HAA    12  -1.657 1.867  -4.597
0.63400 0.63400 0.63400

当我提交grompp命令时，报错如下：
Fatal error:
Atomtype OA not found

本人新手，不晓得怎么回事，是不是从PRODRG网站上面转化的top文件还需要做些修改？希望知道的不吝赐教，另我用的GROMACS是下的最新版本的。

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

gromacs

» 猜你喜欢

2025冷门绝学什么时候出结果已经有3人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有4人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？已经有3人回复
孩子确诊有中度注意力缺陷已经有6人回复
2026博士申请-功能高分子，水凝胶方向已经有6人回复
论文投稿，期刊推荐已经有4人回复
硕士和导师闹得不愉快已经有13人回复
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗已经有5人回复
同一篇文章，用不同账号投稿对编辑决定是否送审有没有影响？已经有3人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢已经有5人回复
topol文件不识别小分子已经有8人回复
gromacs模拟离子液体，建立gro文件已经有5人回复
Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊已经有4人回复
【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？已经有6人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件已经有8人回复
【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化已经有4人回复
【原创】在gromacs的gro中插入小分子已经有12人回复
【求助】gromacs出现了一个问题已经有10人回复
【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子已经有7人回复

相逢是缘！

1楼2012-03-21 23:11:20

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhangfan2192

金虫 (著名写手)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 1007.3
散金: 62
红花: 3
帖子: 1170
在线: 171.3小时
虫号: 648132
注册: 2008-11-07
性别: GG
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

4楼: Originally posted by ti_pn at 2012-03-23 09:02:14:
你查看一下Gromacs安装目录下的力场文件（我不知道你用的是什么力场），看那里有没有定义OA这么一种原子类型，没有的话，你要加上（当然，你需要把相对应的作用参数也加上，不然这个原子可以认为是不存在的），或 ...

多谢你的提醒，如果有时间的话，你能以MEA分子为例（就是建立MEA溶液的模型以及相关密度的计算优化），把其在gromacs中计算的详细步骤写出来吗？非常感谢！