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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GROMACS 小分子top文件
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)

[求助] GROMACS 小分子top文件

刚装好了gromacs，想找个小分子练练手，可是在准备top文件时卡住了，希望高手给点提示。遇到的问题如下：

我尝试的小分子是：HO-CH2-CH2-NH2(MEA)，按照网上的方法在PROGRG网站上画好分子式，生成了一系列文件。然后下载了其中的itp文件并命名为MEA.itp,复制坐标文件为MEA.gro,并手动写了MEA.top文件内容如下：
; Include forcefield parameters
#include "amber03.ff/forcefield.itp"
#include "MEA.itp"

[ system ]
MEA test

[ molecules ]
MEA   1

MEA.gro 文件如下：
PRODRG COORDS
   12
    1DRG  OAB      1  -1.377   1.841  -4.876
    1DRG  HAB      2  -1.396   1.828  -4.974
    1DRG  CAD      3  -1.497   1.879  -4.809
    1DRG  HAE      4  -1.572   1.801  -4.821
    1DRG  HAF      5  -1.528   1.976  -4.847
    1DRG  CAC      6  -1.466   1.898  -4.660
    1DRG  HAC      7  -1.435   1.801  -4.622
    1DRG  HAD      8  -1.391   1.976  -4.649
    1DRG  NAA      9  -1.587   1.937  -4.587
    1DRG  HAG     10  -1.621   2.024  -4.622
    1DRG  HAH     11  -1.564   1.949  -4.490
    1DRG  HAA     12  -1.657   1.867  -4.597
   0.63400   0.63400   0.63400

当我提交grompp命令时，报错如下：
Fatal error:
Atomtype OA not found

本人新手，不晓得怎么回事，是不是从PRODRG网站上面转化的top文件还需要做些修改？希望知道的不吝赐教，另我用的GROMACS是下的最新版本的。
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相逢是缘！
1楼2012-03-21 23:11:20
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saabx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-22 19:26:12
zhangfan2192: 金币+2, ★有帮助 2012-03-25 09:44:52
itp文件是不是和gro文件对应的？
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2楼2012-03-22 18:15:25
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
★
zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-03-22 22:48:17
引用回帖:
2楼: Originally posted by saabx at 2012-03-22 18:15:25:
itp文件是不是和gro文件对应的？

itp文件和gro文件都是从PRODRG生成的
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相逢是缘！
3楼2012-03-22 22:08:07
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ti_pn

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-23 09:04:49
zhangfan2192: 金币+2, ★有帮助 2012-03-25 09:45:13
你查看一下Gromacs安装目录下的力场文件（我不知道你用的是什么力场），看那里有没有定义OA这么一种原子类型，没有的话，你要加上（当然，你需要把相对应的作用参数也加上，不然这个原子可以认为是不存在的），或把你生成的itp与gro的原子类型一处改为场文件相同。
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4楼2012-03-23 09:02:14
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ti_pn at 2012-03-23 09:02:14:
你查看一下Gromacs安装目录下的力场文件（我不知道你用的是什么力场），看那里有没有定义OA这么一种原子类型，没有的话，你要加上（当然，你需要把相对应的作用参数也加上，不然这个原子可以认为是不存在的），或 ...

多谢你的提醒，如果有时间的话，你能以MEA分子为例（就是建立MEA溶液的模型以及相关密度的计算优化），把其在gromacs中计算的详细步骤写出来吗？非常感谢！
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相逢是缘！
5楼2012-03-25 09:47:55
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小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我认为 你的itp 文件是个错误文件，给你个itp 文件的模板看一看
[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
UREA             3

[ atoms ]
     1  C             1  UREA     C1      1     0.880229  12.01000       ; amber C  type
     2  O             1  UREA     O2      2    -0.613359  16.00000       ; amber O  type
     3  N2            1  UREA     N3      3    -0.923545  14.01000       ; amber N  type
     4  H2            1  UREA     H4      4     0.395055   1.00800       ; amber H  type
     5  H2            1  UREA     H5      5     0.395055   1.00800       ; amber H  type
     6  N2            1  UREA     N6      6    -0.923545  14.01000       ; amber N  type
     7  H2            1  UREA     H7      7     0.395055   1.00800       ; amber H  type
     8  H2            1  UREA     H8      8     0.395055   1.00800       ; amber H  type
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Jesus shall take the highest honor
6楼2013-10-04 04:22:26
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小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你的itp完全就不是itp， 是个gro
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Jesus shall take the highest honor
7楼2013-10-04 04:23:30
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这itp怎么这么简单，都没写键长键角参数啊，原子类型也没定义
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gromacs
8楼2013-10-10 22:11:29
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赵昕0326

新虫 (初入文坛)
楼主您好，我在学习NAMD，但是在准备氯仿的top文件时遇到了问题，一些参数没有 ，请问该怎么办?谢谢楼主
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9楼2016-08-21 22:32:55
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xianglei1118

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ti_pn at 2012-03-23 09:02:14
你查看一下Gromacs安装目录下的力场文件（我不知道你用的是什么力场），看那里有没有定义OA这么一种原子类型，没有的话，你要加上（当然，你需要把相对应的作用参数也加上，不然这个原子可以认为是不存在的），或把 ...

请问一下怎么获得给itp文件中加入新内容的权限？
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10楼2016-11-03 10:25:06
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