| 查看: 4761 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
zhangfan2192金虫 (著名写手)
|
[求助]
GROMACS 小分子top文件
|
||
|
刚装好了gromacs，想找个小分子练练手，可是在准备top文件时卡住了，希望高手给点提示。遇到的问题如下： 我尝试的小分子是：HO-CH2-CH2-NH2(MEA)，按照网上的方法在PROGRG网站上画好分子式，生成了一系列文件。然后下载了其中的itp文件并命名为MEA.itp,复制坐标文件为MEA.gro,并手动写了MEA.top文件内容如下： ; Include forcefield parameters #include "amber03.ff/forcefield.itp" #include "MEA.itp" [ system ] MEA test [ molecules ] MEA 1 MEA.gro 文件如下： PRODRG COORDS 12 1DRG OAB 1 -1.377 1.841 -4.876 1DRG HAB 2 -1.396 1.828 -4.974 1DRG CAD 3 -1.497 1.879 -4.809 1DRG HAE 4 -1.572 1.801 -4.821 1DRG HAF 5 -1.528 1.976 -4.847 1DRG CAC 6 -1.466 1.898 -4.660 1DRG HAC 7 -1.435 1.801 -4.622 1DRG HAD 8 -1.391 1.976 -4.649 1DRG NAA 9 -1.587 1.937 -4.587 1DRG HAG 10 -1.621 2.024 -4.622 1DRG HAH 11 -1.564 1.949 -4.490 1DRG HAA 12 -1.657 1.867 -4.597 0.63400 0.63400 0.63400 当我提交grompp命令时，报错如下： Fatal error: Atomtype OA not found 本人新手，不晓得怎么回事，是不是从PRODRG网站上面转化的top文件还需要做些修改？希望知道的不吝赐教，另我用的GROMACS是下的最新版本的。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 猜你喜欢
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
为什么国自然不能直接公布
已经有5人回复
-
梦想
已经有7人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有4人回复
-
面上合作单位盖章
已经有8人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- topol文件不识别小分子
已经有8人回复
- gromacs模拟离子液体，建立gro文件
已经有5人回复
- Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊
已经有4人回复
- 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？
已经有6人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
已经有8人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【原创】在gromacs的gro中插入小分子
已经有12人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
已经有7人回复
7楼2013-10-04 04:23:30
2楼2012-03-22 18:15:25
zhangfan2192
金虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1007.3
- 散金: 62
- 红花: 3
- 帖子: 1170
- 在线: 171.3小时
- 虫号: 648132
- 注册: 2008-11-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-03-22 22:08:07
4楼2012-03-23 09:02:14
20
投票:
