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zhangfan2192金虫 (著名写手)
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[求助]
GROMACS 小分子top文件
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刚装好了gromacs，想找个小分子练练手，可是在准备top文件时卡住了，希望高手给点提示。遇到的问题如下： 我尝试的小分子是：HO-CH2-CH2-NH2(MEA)，按照网上的方法在PROGRG网站上画好分子式，生成了一系列文件。然后下载了其中的itp文件并命名为MEA.itp,复制坐标文件为MEA.gro,并手动写了MEA.top文件内容如下： ; Include forcefield parameters #include "amber03.ff/forcefield.itp" #include "MEA.itp" [ system ] MEA test [ molecules ] MEA 1 MEA.gro 文件如下： PRODRG COORDS 12 1DRG OAB 1 -1.377 1.841 -4.876 1DRG HAB 2 -1.396 1.828 -4.974 1DRG CAD 3 -1.497 1.879 -4.809 1DRG HAE 4 -1.572 1.801 -4.821 1DRG HAF 5 -1.528 1.976 -4.847 1DRG CAC 6 -1.466 1.898 -4.660 1DRG HAC 7 -1.435 1.801 -4.622 1DRG HAD 8 -1.391 1.976 -4.649 1DRG NAA 9 -1.587 1.937 -4.587 1DRG HAG 10 -1.621 2.024 -4.622 1DRG HAH 11 -1.564 1.949 -4.490 1DRG HAA 12 -1.657 1.867 -4.597 0.63400 0.63400 0.63400 当我提交grompp命令时，报错如下： Fatal error: Atomtype OA not found 本人新手，不晓得怎么回事，是不是从PRODRG网站上面转化的top文件还需要做些修改？希望知道的不吝赐教，另我用的GROMACS是下的最新版本的。 |
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7楼2013-10-04 04:23:30
2楼2012-03-22 18:15:25
zhangfan2192
金虫 (著名写手)
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