24小时热门版块排行榜    

查看: 1938  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

903566945

金虫 (正式写手)

[求助] AMBER原子类型怎么修改?

请教高手,AMBER里面原子类型修改的问题,如果我的小分子不在AMBER自带的力场内,那小分子原子类型改成什么才能让AMBER 识别呢?还有我跑了一圈Sand,怎么确定是正常结束的呢?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903566945

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-04-20 09:05:30:
跑一圈SANDER是什么意思呢?用AMBER进行动力学模拟,查看结果直接看out文件就行,那里面应该有你想要的信息,比如这个动力学是否正常结束等。

按照教程跑了一次SANDER,但是不知道模拟有没有出错,out文件里也没有说正常结束啊。
4楼2012-04-20 09:18:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

sinokang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
903566945: 金币+20, 1 2012-04-20 09:17:02
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-20 15:58:44
小分子需要使用Antechamber处理,具体看教程http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/
2楼2012-04-19 16:48:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-20 15:58:54
跑一圈SANDER是什么意思呢?用AMBER进行动力学模拟,查看结果直接看out文件就行,那里面应该有你想要的信息,比如这个动力学是否正常结束等。
努力的生活着
3楼2012-04-20 09:05:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

903566945

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sinokang at 2012-04-19 16:48:04:
小分子需要使用Antechamber处理,具体看教程http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/

我的小分子,不在它自带的力场参数里,所以只有手动改原子类型让AMBER识别,比如C我可以改成C2类型的,但是N、O、H等,我要改成什么类型的,你知道吗?
5楼2012-04-20 09:20:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +9 Ymlll 2026-03-18 12/600 2026-03-20 00:01 by 23Postgrad
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂,总分315(英一) +3 sbdksD 2026-03-19 3/150 2026-03-19 23:21 by fmesaito
[考研] 317求调剂 +3 申子申申 2026-03-19 6/300 2026-03-19 14:16 by 申子申申
[考研] 274求调剂 +6 S.H1 2026-03-18 6/300 2026-03-19 09:34 by 花店相见
[考研] 085600材料与化工 +5 安全上岸! 2026-03-16 5/250 2026-03-18 15:33 by cmz0325
[考研] 化学工程321分求调剂 +15 大米饭! 2026-03-15 18/900 2026-03-18 14:52 by haxia
[考研] 0854,计算机类招收调剂 +3 胡辣汤放糖 2026-03-15 6/300 2026-03-18 12:09 by 上岸上岸……..
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 11408 一志愿西电,277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[硕博家园] 085600 260分求调剂 +3 天空还下雨么 2026-03-13 5/250 2026-03-13 18:46 by 天空还下雨么
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
信息提示
请填处理意见