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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

[求助] grompp无法识别原子类型

本人在学习溶菌酶的gromacs教程的时候,在运行grompp的时候出现了无法识别原子类型的问题,在网上进行搜索之后,发现有相关的解决办法,就是直接定义原子类型,但是还是不行,请问虫虫们市怎么解决这样的问题的啊?


Program grompp, VERSION 4.0.7
Source code file: ../../../../src/kernel/toppush.c, line: 1643

Fatal error:
No such moleculetype NA
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-04-29 14:15:29
这个问题好解决,
你仔细看看你所选用的力场,
“No such moleculetype NA ” 没有这种分子类型,看看你的 top  文件中有没有把这种分子加进去?
在你的力场中有没有这种分子的定义?
2楼2012-04-29 12:06:38
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-04-29 12:06:38:
这个问题好解决,
你仔细看看你所选用的力场,
“No such moleculetype NA ” 没有这种分子类型,看看你的 top  文件中有没有把这种分子加进去?
在你的力场中有没有这种分子的定义?

我的文件有三个topol.top,#topol.top.1,#topol.top.2#,其中一个命名位topol.top的文件市增加了,其他的没有,我用的力场是opls力场,里面定义了NA了
3楼2012-04-29 12:45:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-04-29 15:00:54
wuhaigang: 金币+2, 有帮助 2012-04-29 15:31:59
在你的topol.top文件里面有没有把定义NA的参数引用进去?
就是有没有把参数 #include    ??
如果力场中有此分子定义,且正确引用,这个问题就解决了!
4楼2012-04-29 14:57:19
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-04-29 14:57:19:
在你的topol.top文件里面有没有把定义NA的参数引用进去?
就是有没有把参数 #include    ??
如果力场中有此分子定义,且正确引用,这个问题就解决了!

我解决了,是我安装的问题。呵呵 谢谢了
5楼2012-04-29 15:32:25
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tianyueli

金虫 (小有名气)

我也出现了同样的问题
Program grompp_mpi, VERSION 4.0.5
Source code file: toppush.c, line: 1641

Fatal error:
No such moleculetype NA
不知楼主是怎样解决的?
6楼2012-12-05 10:44:37
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

引用回帖:
6楼: Originally posted by tianyueli at 2012-12-05 10:44:37
我也出现了同样的问题
Program grompp_mpi, VERSION 4.0.5
Source code file: toppush.c, line: 1641

Fatal error:
No such moleculetype NA
不知楼主是怎样解决的?

如果其他方法试过了没用,就重新装一遍就行了,我觉得是安装未完全的原因
7楼2012-12-07 10:16:30
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tianyueli

金虫 (小有名气)

嗯,谢谢楼主,我再试试看吧!
8楼2012-12-07 20:42:58
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