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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

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专业: 半导体材料

[求助] grompp无法识别原子类型

本人在学习溶菌酶的gromacs教程的时候，在运行grompp的时候出现了无法识别原子类型的问题，在网上进行搜索之后，发现有相关的解决办法，就是直接定义原子类型，但是还是不行，请问虫虫们市怎么解决这样的问题的啊？

Program grompp, VERSION 4.0.7
Source code file: ../../../../src/kernel/toppush.c, line: 1643

Fatal error:
No such moleculetype NA

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1楼2012-04-29 11:47:01

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wuhaigang

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引用回帖:

2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-04-29 12:06:38:
这个问题好解决，
你仔细看看你所选用的力场，
“No such moleculetype NA ” 没有这种分子类型，看看你的 top 文件中有没有把这种分子加进去？
在你的力场中有没有这种分子的定义？

我的文件有三个topol.top，#topol.top.1，#topol.top.2#，其中一个命名位topol.top的文件市增加了，其他的没有，我用的力场是opls力场，里面定义了NA了