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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)

[求助] 如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件

1、如何将MS的纳米管坐标转换到gromacs可识别的gro文件，以及怎样产生相应的gromacs力场文件？用PRODRG2转换的话，上传什么样格式的坐标呢？
2、在构建模型方面，若考虑纳米管输运的话，被输运气体或分子应如何放置在纳米管的两个开口端，尽量在管腔内无输运物分子的存在，此处不知可否调大碳原子的范德华半径来实现。
3、纳米管输运用gromacs的哪种力场描述最好。charmm or amber or gromacs?
本虫新手，问题可能描述的不是很清楚，还望见谅。
以上3个问题回答若中肯，各悬赏5个金币。

谢谢
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1楼2012-05-07 10:17:11
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-07 15:37:33:
问题1： 干嘛要转换成gro 啊？MS 可以输出PDB就行了，gromacs那么博爱，pdb就能直接读入的。力场文件，你是说itp 文件吗？你可以根据相应的参考文件，获取相应的数据，然后自己写个小程序就能实现了。

问题2： ...

由于对gromacs的学习刚刚上手，不太清楚立场参数如何调用以及计算执行的流程。比如有的文献上说纳米管用CHARMM22力场，碳原子类型为CA型，这个时候是不是就不用再指定力场参数了？
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4楼2012-05-07 22:17:43
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zxy964777869: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回答，问题已解决。 2012-05-07 22:12:37
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-08 08:04:45
问题1： 干嘛要转换成gro 啊？MS 可以输出PDB就行了，gromacs那么博爱，pdb就能直接读入的。力场文件，你是说itp 文件吗？你可以根据相应的参考文件，获取相应的数据，然后自己写个小程序就能实现了。

问题2：不了解，找找相关文献吧，这方面的文献应该挺多的。
问题3：还是看文献，找引用率高的文章，看看人家用什么呗

祝好运！
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2楼2012-05-07 15:37:33
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-07 15:46:58
zxy964777869: 金币+2, ★有帮助, 谢谢参与 2012-05-07 22:18:52
pdb拖过去之后直接用pdb2gmx转化就行了~至于你后面的那两个问题的话我觉得还是从文献中找，具体的体系的话还是得看文献~
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3楼2012-05-07 15:46:05
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shengxiang at 2012-05-07 15:46:05:
pdb拖过去之后直接用pdb2gmx转化就行了~至于你后面的那两个问题的话我觉得还是从文献中找，具体的体系的话还是得看文献~

关于坐标文件确实是这样，但纳米管中的碳原子类型以及其力场参数文件去哪里设呢，是自己在力场文件里加上一个n2t文件么？
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5楼2012-05-07 22:22:41
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