| 查看: 1929 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
zxy964777869铜虫 (正式写手)
|
[求助]
如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件
|
||
|
1、如何将MS的纳米管坐标转换到gromacs可识别的gro文件，以及怎样产生相应的gromacs力场文件？用PRODRG2转换的话，上传什么样格式的坐标呢？ 2、在构建模型方面，若考虑纳米管输运的话，被输运气体或分子应如何放置在纳米管的两个开口端，尽量在管腔内无输运物分子的存在，此处不知可否调大碳原子的范德华半径来实现。 3、纳米管输运用gromacs的哪种力场描述最好。charmm or amber or gromacs? 本虫新手，问题可能描述的不是很清楚，还望见谅。 以上3个问题回答若中肯，各悬赏5个金币。 谢谢 |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿郑大材料工程290求调剂
已经有6人回复
-
292求调剂
已经有11人回复
-
309求调剂
已经有11人回复
-
262求调剂
已经有3人回复
-
303求调剂
已经有5人回复
-
300求调剂，材料科学英一数二
已经有17人回复
-
一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂
已经有21人回复
-
307求调剂
已经有15人回复
-
286分调剂
已经有9人回复
-
求调剂323材料与化工
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- grompp无法识别原子类型
已经有7人回复
- MS在模拟高分子构象不对！
已经有19人回复
- MS5.0安装全部成功了，运行时总是报错，根本用不了
已经有13人回复
- 园艺植物识别图片之pdf版
已经有459人回复
- 碳纳米管负载问题
已经有4人回复
- 取向的碳纳米管或金纳米棒能用来做什么？
已经有11人回复
- gromacs模拟
已经有4人回复
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- 【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？
已经有6人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【讨论】大家用gromacs,都是用什么软件建模的，或者有手写建模的
已经有3人回复
- 【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件
已经有8人回复
zxy964777869
铜虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 9.5
- 散金: 2251
- 红花: 8
- 帖子: 501
- 在线: 900.4小时
- 虫号: 1355217
- 注册: 2011-07-25
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
再问一个问题，我在网上查到用g_x2top生成纳米管pdb文件的top文件，选用ffgmx2力场，碳原子定义为Cx类型，链接：http://apps.hi.baidu.com/share/detail/31674146 ：请问它定义那个n2t文件的作用是什么？ 那能不能直接在pdb文件中将碳原子定义为Cx类型，然后再在力场那个文件(nb.itp和b.itp)中添加Cx原子类型以及键参数？ 谢谢，麻烦你了! |
7楼2012-05-08 09:33:18
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zxy964777869: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回答，问题已解决。 2012-05-07 22:12:37
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-08 08:04:45
感谢参与，应助指数 +1
zxy964777869: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回答，问题已解决。 2012-05-07 22:12:37
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-08 08:04:45
|
问题1： 干嘛要转换成gro 啊？MS 可以输出PDB就行了，gromacs那么博爱，pdb就能直接读入的。力场文件，你是说itp 文件吗？你可以根据相应的参考文件，获取相应的数据，然后自己写个小程序就能实现了。 问题2：不了解，找找相关文献吧，这方面的文献应该挺多的。 问题3：还是看文献，找引用率高的文章，看看人家用什么呗 祝好运！ |
2楼2012-05-07 15:37:33
shengxiang
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 33 (小学生)
- 金币: 805.5
- 散金: 2572
- 红花: 9
- 帖子: 1460
- 在线: 154.1小时
- 虫号: 800854
- 注册: 2009-06-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-05-07 15:46:05
zxy964777869
铜虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 9.5
- 散金: 2251
- 红花: 8
- 帖子: 501
- 在线: 900.4小时
- 虫号: 1355217
- 注册: 2011-07-25
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
由于对gromacs的学习刚刚上手，不太清楚立场参数如何调用以及计算执行的流程。比如有的文献上说纳米管用CHARMM22力场，碳原子类型为CA型，这个时候是不是就不用再指定力场参数了？ 4楼2012-05-07 22:17:43
