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用Amber计算结合自由能时py出现的cpptraj failed with prmtop com.prmtop!错误
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我用的是Amber12,在计算结合自由能的时候输入命令 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp com_solvated.prmtop -cp com.prmtop -rp pro.prmtop -lp lig.prmtop -y *.mdcrd后 总是出现以下错误 Loading and checking parameter files for compatibility... mmpbsa_py_energy found! Using /home/lab/amber12/bin/mmpbsa_py_energy cpptraj found! Using /home/lab/amber12/bin/cpptraj Preparing trajectories for simulation... 400 frames were processed by cpptraj for use in calculation. Running calculations on normal system... Beginning GB calculations with /home/lab/amber12/bin/mmpbsa_py_energy calculating complex contribution... CalcError: /home/lab/amber12/bin/cpptraj failed with prmtop com.prmtop! Exiting. All files have been retained. 我看了一些mail list，还是没有找到解决办法，不知道是我的拓扑文件出现问题还是其他的输入文件的问题。 原本应该生成如图1显示的那些文件，现在只生成了图2,其他的文件都没有，而且_MMPBSA_complex_gb.mdout.0的内容也没有提示哪里有错误 生成的_MMPBSA_normal_traj_cpptraj.out文件也没有提示错误。 请问有人遇到过同样的错误吗？求指点！  Screenshot from 2014-12-04 10:02:30.png  Screenshot from 2014-12-04 10:03:24.png |
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