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maggie凤木虫 (正式写手)
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Gromacs把蛋白的二级结构跑散了怎么办 已有1人参与
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RT 用的1UBI蛋白 按照下面的步骤跑了10ns模拟 pdb2gmx -f 1UBI.pdb -o 1UBI.gro editconf -f 1UBI.gro -o conf.gro -c -box 5 5 5 genbox -cp conf.gro -cs -p topol.top -o box.gro grompp -c box.gro -p topol.top -f em.mdp -o em.tpr -maxwarn 10 mdrun -deffnm em grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -maxwarn 10 mdrun -deffnm nvt grompp -f npt.mdp -t nvt.cpt -c nvt.gro -p topol.top -o npt.tpr -maxwarn 10 mdrun -deffnm npt grompp -f md.mdp -c npt.gro -p topol.top -o md.tpr -maxwarn 10 mdrun -deffnm md 最后把.xtc文件做成pdb 在pymol里显示的蛋白里的四个beta折叠全都少了一大截 有的时候还会彻底消失 那些消失的beta折叠的位置的RMSF都偏大 但是不如loop区那么大 求解这是怎么回事 万谢 |
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