24小时热门版块排行榜

返回列表

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 33
红花: 2
帖子: 136
在线: 29.7小时
虫号: 2553312
注册: 2013-07-19
性别: GG
专业: 蛋白质组学

[求助] Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题已有1人参与

想请教一个Gromacs里模拟膜蛋白的问题。
我已经把蛋白嵌入到膜内，接下来，需要将我的膜蛋白系统溶于水中。也就是添加水分子。那是直接用genebox命令添加水分子（如图1，膜2侧被加上了水）；还是先editconf设定好一个水盒子形状，再用genebox命令添加水分子呢（如图2，整个膜蛋白体系被水分子包裹住了）？？
谢谢！！

图1：

1.jpg

图2：

2.jpg

回复此楼

» 猜你喜欢

孩子确诊有中度注意力缺陷已经有14人回复
三甲基碘化亚砜的氧化反应已经有4人回复
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢已经有5人回复
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗已经有5人回复
2025冷门绝学什么时候出结果已经有3人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有4人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？已经有3人回复
论文投稿，期刊推荐已经有4人回复
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗已经有5人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

amber 里生成pdb文件的命令已经有8人回复
用gromacs跑膜动力学已经有3人回复
加膜系统的蛋白动力学模拟已经有5人回复
分子动力学模拟轨迹文件格式的选择问题已经有4人回复
如何将amber的轨迹文件mdcrd格式转换成gromacs的轨迹文件格式 trr呢已经有5人回复
gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子已经有19人回复
请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析已经有12人回复
Gromacs能量最小化问题已经有5人回复
菜鸟。请问如何用gromacs模拟，水和油不容分层？？已经有4人回复
跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？已经有4人回复
Amber 分子动力学求助！！！！已经有10人回复
选择学习charmm还是amber呢？已经有10人回复
Gromacs粗粒化力场（自己写）已经有11人回复
300金币求帮忙解决个PMF相关的问题已经有10人回复
有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟已经有14人回复
分子模拟时间越长越好吗？已经有44人回复
【求助】modeller同源建模结果选择已经有10人回复
【求助】水盒子问题已经有17人回复
【求助】namd tutorial遇到问题已经有10人回复

1楼2014-11-07 00:03:34

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

Cong2014

铜虫 (小有名气)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 77.1
散金: 50
红花: 1
帖子: 56
在线: 66小时
虫号: 3494360
注册: 2014-10-23
性别: MM
专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangmao511: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常有帮助，悉心的指导，感谢+感动！！！ 2014-11-10 15:08:25

首先，图1的结果是对的，膜在x,y方向上由周期性边界条件连成无限大的，即x,y方向上的盒子边长=膜的边长。
其次，用editconf产生一个盒子再用genbox加水，这个方法是对的。产生图2的原因是，加盒子时，盒子边长写的不对（图2中个，x,y方向上的盒子边长≠膜的边长），应该指定盒子的大小： editconf -f -o -box x y z

赞一下

回复此楼

2楼2014-11-07 10:01:08

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 33
红花: 2
帖子: 136
在线: 29.7小时
虫号: 2553312
注册: 2013-07-19
性别: GG
专业: 蛋白质组学

引用回帖:

2楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 10:01:08
首先，图1的结果是对的，膜在x,y方向上由周期性边界条件连成无限大的，即x,y方向上的盒子边长=膜的边长。
其次，用editconf产生一个盒子再用genbox加水，这个方法是对的。产生图2的原因是，加盒子时，盒子边长写的 ...

你好，谢谢你的回复。
其实图1，我在把蛋白嵌入到膜上的时候，就是用的editconf -f -o -box x y z，其中x,y,z我是从取的DOWNLOAD下来的膜的大小。所以蛋白嵌入膜之后，我就直接执行了genbox。而图2，我多加了一个editconf_mpi -f p.gro -o ps.gro -c -d 1.0 -bt cubic命令。图1和图2的差别也许就在-d 1.0 -bt cubic这2个参数上，这也是我疑惑的地方。

因为从Gromacs官网例子上有一段话是这么说的。一般把蛋白放入水盒子里，是要设置-d值的，也就是设置蛋白距离盒子边缘的纳米位置。因为要用到边界条件，必须满足最低限度的图像公约，也就是一个蛋白永远不能看到它的周期图像，否则计算的力是伪力。所有，为了不产生周期性影像的直接接触，我们设定了蛋白距离边框的最小距离为1.0，也就是editconf –d 1.0。那如果图1是对的，用的是editconf -f -o -box x y z，那-d怎么办？？那我这个蛋白岂不是贴在水盒子边缘了，谢谢。如图3所示。

图3：