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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题 已有1人参与

想请教一个Gromacs里模拟膜蛋白的问题。
我已经把蛋白嵌入到膜内，接下来，需要将我的膜蛋白系统溶于水中。也就是添加水分子。那是直接用genebox命令添加水分子（如图1，膜2侧被加上了水）；还是先editconf设定好一个水盒子形状，再用genebox命令添加水分子呢（如图2，整个膜蛋白体系被水分子包裹住了）？？
谢谢！！

图1：

Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题
1.jpg

图2：
Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题-1
2.jpg
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1楼 2014-11-07 00:03:34
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Cong2014

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangmao511: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常有帮助，悉心的指导，感谢+感动！！！ 2014-11-10 15:08:25
首先，图1的结果是对的，膜在x,y方向上由周期性边界条件连成无限大的，即x,y方向上的盒子边长=膜的边长。
其次，用editconf产生一个盒子再用genbox加水，这个方法是对的。产生图2的原因是，加盒子时，盒子边长写的不对（图2中个，x,y方向上的盒子边长≠膜的边长），应该指定盒子的大小： editconf -f -o -box x y z
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2楼2014-11-07 10:01:08
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 10:01:08
首先，图1的结果是对的，膜在x,y方向上由周期性边界条件连成无限大的，即x,y方向上的盒子边长=膜的边长。
其次，用editconf产生一个盒子再用genbox加水，这个方法是对的。产生图2的原因是，加盒子时，盒子边长写的 ...

你好，谢谢你的回复。
其实图1，我在把蛋白嵌入到膜上的时候，就是用的editconf -f -o -box x y z，其中x,y,z我是从取的DOWNLOAD下来的膜的大小。所以蛋白嵌入膜之后，我就直接执行了genbox。而图2，我多加了一个editconf_mpi -f p.gro -o ps.gro -c -d 1.0 -bt cubic命令。图1和图2的差别也许就在-d 1.0 -bt cubic这2个参数上，这也是我疑惑的地方。

因为从Gromacs官网例子上有一段话是这么说的。一般把蛋白放入水盒子里，是要设置-d值的，也就是设置蛋白距离盒子边缘的纳米位置。因为要用到边界条件，必须满足最低限度的图像公约，也就是一个蛋白永远不能看到它的周期图像，否则计算的力是伪力。所有，为了不产生周期性影像的直接接触，我们设定了蛋白距离边框的最小距离为1.0，也就是editconf –d 1.0。那如果图1是对的，用的是editconf -f -o -box x y z，那-d怎么办？？那我这个蛋白岂不是贴在水盒子边缘了，谢谢。如图3所示。

图3：
Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题-2
6.jpg
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3楼2014-11-07 14:48:35
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
或者说，如果x,y方向上的盒子边长=膜的边长，那不是和设置蛋白距离边框的最小距离（editconf –d 1.0）相矛盾吗？这个地方不太理解，谢谢指点？？？
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4楼2014-11-07 14:52:13
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 10:01:08
首先，图1的结果是对的，膜在x,y方向上由周期性边界条件连成无限大的，即x,y方向上的盒子边长=膜的边长。
其次，用editconf产生一个盒子再用genbox加水，这个方法是对的。产生图2的原因是，加盒子时，盒子边长写的 ...

或者说，如果x,y方向上的盒子边长=膜的边长，那不是和设置蛋白距离边框的最小距离（editconf –d 1.0）相矛盾吗？这个地方不太理解，谢谢指点？？？
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5楼2014-11-07 14:53:22
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