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zhangmao511铁虫 (小有名气)
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Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题 已有1人参与
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想请教一个Gromacs里模拟膜蛋白的问题。 我已经把蛋白嵌入到膜内，接下来，需要将我的膜蛋白系统溶于水中。也就是添加水分子。那是直接用genebox命令添加水分子（如图1，膜2侧被加上了水）；还是先editconf设定好一个水盒子形状，再用genebox命令添加水分子呢（如图2，整个膜蛋白体系被水分子包裹住了）？？ 谢谢！！ 图1：  1.jpg 图2：  2.jpg |
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zhangmao511
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5楼2014-11-07 14:53:22
2楼2014-11-07 10:01:08
zhangmao511
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你好，谢谢你的回复。 其实图1，我在把蛋白嵌入到膜上的时候，就是用的editconf -f -o -box x y z，其中x,y,z我是从取的DOWNLOAD下来的膜的大小。所以蛋白嵌入膜之后，我就直接执行了genbox。而图2，我多加了一个editconf_mpi -f p.gro -o ps.gro -c -d 1.0 -bt cubic命令。图1和图2的差别也许就在-d 1.0 -bt cubic这2个参数上，这也是我疑惑的地方。 因为从Gromacs官网例子上有一段话是这么说的。一般把蛋白放入水盒子里，是要设置-d值的，也就是设置蛋白距离盒子边缘的纳米位置。因为要用到边界条件，必须满足最低限度的图像公约，也就是一个蛋白永远不能看到它的周期图像，否则计算的力是伪力。所有，为了不产生周期性影像的直接接触，我们设定了蛋白距离边框的最小距离为1.0，也就是editconf –d 1.0。那如果图1是对的，用的是editconf -f -o -box x y z，那-d怎么办？？那我这个蛋白岂不是贴在水盒子边缘了，谢谢。如图3所示。 图3：  6.jpg |
3楼2014-11-07 14:48:35
zhangmao511
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4楼2014-11-07 14:52:13