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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题已有1人参与

想请教一个Gromacs里模拟膜蛋白的问题。
我已经把蛋白嵌入到膜内,接下来,需要将我的膜蛋白系统溶于水中。也就是添加水分子。那是直接用genebox命令添加水分子(如图1,膜2侧被加上了水);还是先editconf设定好一个水盒子形状,再用genebox命令添加水分子呢(如图2,整个膜蛋白体系被水分子包裹住了)??
谢谢!!

图1:

Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题
1.jpg

图2:
Gromacs膜蛋白添加水模拟的一个问题-1
2.jpg
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Cong2014

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhangmao511: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常有帮助,悉心的指导,感谢+感动!!! 2014-11-10 15:08:25

zhangmao511

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