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aiyixuan2013

新虫 (初入文坛)

[交流] 蛋白质折叠组装 VMD操作以及gromacs计算

蛋白质折叠组装 VMD操作以及gromacs计算

1.请教各位前辈们， 蛋白质的折叠和蛋白质的自组装有着怎样的区别呢?
对蛋白质和聚合物进行的自组装，不同的linux机器以及不同的长度的时间，为什么自组装的结构存在如此巨大的差异呢？
2.另外，对于VMD中是如何对所有指定的帧（一定的范围或者是整个范围的帧）执行某一命令的，比如说对指定范围内的帧执行下面的命令，或者是对轨迹文件中的全部帧执行下面的命令是如何实现的？
$all moveby {20 20 20}

3.gromacs模拟轨迹分析，蛋白质的RMSD计算，如果选择晶体结构作为参考结构，是应该选择加入水和离子之后的结构还是使用优化或者平衡之后的结构作为对比的参考点呢?

自己研究了好长时间都不是很明白，请教各位高人进行指点！
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1楼 2014-06-05 18:22:38
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shapoto

木虫 (职业作家)
★
aiyixuan2013(金币+1): 谢谢参与
祝好运
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6楼2014-06-05 19:00:19
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kiss200855372楼
2014-06-05 18:47   回复  
aiyixuan2013(金币+1): 谢谢参与
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SCI-ICS3楼
2014-06-05 18:52   回复  
aiyixuan2013(金币+1): 谢谢参与
祝福
henry8354楼
2014-06-05 18:53   回复  
aiyixuan2013(金币+1): 谢谢参与
syhorchid5楼
2014-06-05 18:54   回复  
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假大空7楼
2014-06-05 19:14   回复  
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zls61108楼
2014-06-05 19:27   回复  
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