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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs跑能量最小化后蛋白四分五裂了
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atmdd

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] gromacs跑能量最小化后蛋白四分五裂了 已有1人参与

用gromacs跑能量最小化，蛋白会变成下边图那样四分五裂，真空、溶剂，共轭、最陡，都会这样，请问这是怎么回事，由如何解决呢？看着像正方形，可是在做真空能量最小化没有加盒子的情况下，怎么也是正方形的？
ps：这个结构是我在另一个蛋白上删除了20多个氨基酸后跑的，未删除的那个蛋白跑能量最小化没有问题
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修罗
1楼 2014-10-27 18:29:23
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
atmdd: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 最后自己解决了，感谢热心帮助！ 2014-10-28 10:28:14
那看你是删除哪一段氨基酸了，N端或者C端的应该不会跑的这么恐怖。
话说，看不到你发的图
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2楼2014-10-27 18:43:12
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atmdd

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangmao511 at 2014-10-27 18:43:12
那看你是删除哪一段氨基酸了，N端或者C端的应该不会跑的这么恐怖。
话说，看不到你发的图

删的是C端，这个有点莫名其妙。。。。
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修罗
3楼2014-10-27 19:49:28
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atmdd

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by atmdd at 2014-10-27 19:49:28
删的是C端，这个有点莫名其妙。。。。...

图片在这里，多谢提醒！
gromacs跑能量最小化后蛋白四分五裂了
2222.png
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修罗
4楼2014-10-27 20:05:21
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