应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs跑能量最小化后蛋白四分五裂了
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
41/1返回列表
查看: 1050  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

atmdd

新虫

[求助] gromacs跑能量最小化后蛋白四分五裂了 已有1人参与

用gromacs跑能量最小化，蛋白会变成下边图那样四分五裂，真空、溶剂，共轭、最陡，都会这样，请问这是怎么回事，由如何解决呢？看着像正方形，可是在做真空能量最小化没有加盒子的情况下，怎么也是正方形的？
ps：这个结构是我在另一个蛋白上删除了20多个氨基酸后跑的，未删除的那个蛋白跑能量最小化没有问题
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
修罗
1楼 2014-10-27 18:29:23
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
atmdd: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 最后自己解决了，感谢热心帮助！ 2014-10-28 10:28:14
那看你是删除哪一段氨基酸了，N端或者C端的应该不会跑的这么恐怖。
话说，看不到你发的图
赞一下 回复此楼
2楼2014-10-27 18:43:12
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

atmdd

无虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangmao511 at 2014-10-27 18:43:12
那看你是删除哪一段氨基酸了，N端或者C端的应该不会跑的这么恐怖。
话说，看不到你发的图

删的是C端，这个有点莫名其妙。。。。
赞一下 回复此楼
修罗
3楼2014-10-27 19:49:28
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

atmdd

禁虫
引用回帖:
3楼: Originally posted by atmdd at 2014-10-27 19:49:28
删的是C端，这个有点莫名其妙。。。。...

图片在这里，多谢提醒！
gromacs跑能量最小化后蛋白四分五裂了
2222.png
赞一下 回复此楼
修罗
4楼2014-10-27 20:05:21
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 atmdd 的主题更新
41/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 267求调剂 +9 uiybh 2026-03-31 9/450 2026-03-31 22:15 by 天倌赐福
[考研] 085600 一志愿9 总分351 求调剂学校 +7 czhcz 2026-03-31 7/350 2026-03-31 18:54 by 小张做实验
[考研] 一志愿a区211，085601-307分求调剂 +10 党嘉豪 2026-03-31 23/1150 2026-03-31 18:44 by JourneyLucky
[考研] 材料调剂 +9 Eujd1 2026-03-31 10/500 2026-03-31 18:41 by JourneyLucky
[考研] 本2一志愿C9-333分，材料科学与工程，求调剂 +9 升升不降 2026-03-31 9/450 2026-03-31 18:01 by 无际的草原
[考研] 086000调剂 +5 7901117076 2026-03-26 5/250 2026-03-31 17:45 by 544594351
[考研] 318求调剂 +10 陈晨79 2026-03-30 10/500 2026-03-31 17:37 by 544594351
[考博] 材料专业申博 +5 杜雨婷dyt 2026-03-29 5/250 2026-03-31 11:19 by oooqiao
[考研] 085600，专业课化工原理，320分求调剂 +6 大馋小子 2026-03-29 6/300 2026-03-31 10:03 by 氯化亚硝酰
[考研] 福建理工大学材料学院先进合金团队招收考研调剂学生 +3 大华金商都 2026-03-30 4/200 2026-03-31 01:04 by 方英俊602
[考研] 抱歉 +4 田洪有 2026-03-30 4/200 2026-03-30 21:26 by mumin1990
[考研] 抱歉 +3 田洪有 2026-03-30 3/150 2026-03-30 19:11 by 迷糊CCPs
[考研] 0703化学求调剂 +6 丹青奶盖 2026-03-26 8/400 2026-03-30 18:33 by 探123
[考研] 283求调剂（080500） +14 A child 2026-03-27 14/700 2026-03-30 12:06 by 探123
[考研] 环境科学与工程334分求调剂 +6 王一一依依 2026-03-30 8/400 2026-03-30 11:52 by yjolah
[考研] 081200-314 +3 LILIQQ 2026-03-27 4/200 2026-03-28 09:41 by 保护地球你我做�
[考研] 265求调剂 +8 小木虫085600 2026-03-27 8/400 2026-03-27 22:16 by 无际的草原
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
[考研] 08开头275求调剂 +4 拉谁不重要 2026-03-26 4/200 2026-03-27 14:12 by Delta2012
[考研] 348求调剂 +4 小懒虫不懒了 2026-03-27 5/250 2026-03-27 12:47 by 果果妈咪
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭