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wungung金虫 (初入文坛)
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GMX动力学一直跑不起来，急求帮助！ 已有1人参与
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各位师兄师姐，急求Gromacs跑动力学的帮助！ 我跑的是双层脂质分子膜，已经进行了能量最小化，并且Fmax已经降到了100以内。 之后跑长程动力学一直提示这个错误，并且降低步长、核数仍然无法解决。 尝试跑位置限制动力学，把脂质的位置固定，也出现同样的错误。 不知这个该如何解决啊！求各位师兄师姐帮忙解决一下。非常感谢！  newscreen1495395460.jpg |
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amber跑动力学，晶体结构中的水能不能用限制力固定住
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angjzy
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2楼2014-10-14 21:58:19
angjzy
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如果你设置的总核数就是4个，那么应该没有问题，就是没有分给PME计算的核 那就还是系统没有最小化好 对照下面链接，检查错误 http://www.gromacs.org/Documenta ... _their_charge_group |
5楼2014-10-14 22:42:49
angjzy
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10楼2014-10-16 11:52:59
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12楼2014-10-17 09:07:38
wungung
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3楼2014-10-14 22:03:17
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4楼2014-10-14 22:04:42
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送红花一朵 |
师兄您好！我之前按照Gromacs官网里面Errors的指导修改了参数设置，仍然有这个问题。 我确实已经将能量最小化进行了很多遍，能量Fmax在70-80左右，Epot在4*10e-5了，如果是能量最小化的问题，不知该怎样继续降低能量啊？ 下面是我进行位置限制动力学（res.mdp）和长程动力学（md.mdp）的mdp文件，还是麻烦师兄帮忙看一下，有没有问题…… 非常感谢您的帮助！ |
7楼2014-10-15 08:43:47
8楼2014-10-15 22:32:28
wungung
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9楼2014-10-16 09:46:44
