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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GMX动力学一直跑不起来，急求帮助！
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wungung

金虫 (初入文坛)

[求助] GMX动力学一直跑不起来，急求帮助！ 已有1人参与

各位师兄师姐，急求Gromacs跑动力学的帮助！

我跑的是双层脂质分子膜，已经进行了能量最小化，并且Fmax已经降到了100以内。
之后跑长程动力学一直提示这个错误，并且降低步长、核数仍然无法解决。
尝试跑位置限制动力学，把脂质的位置固定，也出现同样的错误。

不知这个该如何解决啊！求各位师兄师姐帮忙解决一下。非常感谢！

GMX动力学一直跑不起来，急求帮助！
newscreen1495395460.jpg
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1楼 2014-10-14 21:12:09
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

angjzy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wungung: 金币+3 2014-10-14 22:03:26
wungung: 金币+3 2014-10-15 08:47:15
是不是核数不能被整除，查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“
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2楼2014-10-14 21:58:19
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angjzy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wungung at 2014-10-14 22:04:42
另外，log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1，separate PME nodes 0...

如果你设置的总核数就是4个，那么应该没有问题，就是没有分给PME计算的核
那就还是系统没有最小化好

对照下面链接，检查错误
http://www.gromacs.org/Documenta ... _their_charge_group
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5楼2014-10-14 22:42:49
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angjzy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wungung at 2014-10-14 22:04:42
另外，log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1，separate PME nodes 0...

或者贴一下你用的mdp
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wungung
6楼2014-10-14 22:47:40
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fanc232

新虫 (小有名气)
我来凑个热闹...楼主，我对分子动力学原理懂得不多，我感觉报错里面说到的equilibration，和能量最小化，不是一回事儿啊。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
10楼2014-10-16 11:52:59
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by wungung at 2014-10-17 08:56:55
唔……是的，应该是前者包含后者的关系吧。
按照官网上Errors的说法，not equilibration，主要是因为没有能量优化彻底，或者初始构型不好，等等的。...

在一些教程中，equilibration大概相当于让体系先跑一段时间的动力学，它跟能量最小化的差别，原理上说不明白，但表观上，equilibration的运行时间要比能量最小化长一些。我也是瞎支招，如果equilibration和能量最小化不是一回事，而问题出在没有equilibration上，一味做能量最小化也解决不了吧。
官网给出的解决方法确实，基本说的都是能量最小化，没怎么提equilibration。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
12楼2014-10-17 09:07:38
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普通回帖

wungung

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除，查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

师兄您好！我查看了log文件，里面显示Domain decomposition grid 4*1*1.
请问该怎么解决这个问题呢？

非常感谢您的帮助呀！
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3楼2014-10-14 22:03:17
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wungung

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除，查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

另外，log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1，separate PME nodes 0
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4楼2014-10-14 22:04:42
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wungung

金虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 22:47:40
或者贴一下你用的mdp...

师兄您好！我之前按照Gromacs官网里面Errors的指导修改了参数设置，仍然有这个问题。
我确实已经将能量最小化进行了很多遍，能量Fmax在70-80左右，Epot在4*10e-5了，如果是能量最小化的问题，不知该怎样继续降低能量啊？
下面是我进行位置限制动力学（res.mdp）和长程动力学（md.mdp）的mdp文件，还是麻烦师兄帮忙看一下，有没有问题……

非常感谢您的帮助！
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7楼2014-10-15 08:43:47
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hc8850

金虫 (初入文坛)
我最近也在做分子动力学模拟，gromacs从零开始学习，能不能给我些gromacs的中文使用手册，还有一些资料啊。
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8楼2014-10-15 22:32:28
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wungung

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hc8850 at 2014-10-15 22:32:28
我最近也在做分子动力学模拟，gromacs从零开始学习，能不能给我些gromacs的中文使用手册，还有一些资料啊。

手册只有英文的啊。。。
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9楼2014-10-16 09:46:44
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