【答案】应助回帖

» 猜你喜欢

调剂已经有12人回复
求调剂材料与工程 324分专硕已经有13人回复
化学工程与技术324调剂已经有18人回复
材料085601调剂已经有9人回复
一志愿西北工业大学289 085602 已经有13人回复
291 求调剂已经有13人回复
生物与医药273求调剂已经有19人回复
生物与医药调剂已经有5人回复
08600生物与医药-327 已经有10人回复
085601初试330分找调剂已经有10人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

amber跑动力学，晶体结构中的水能不能用限制力固定住已经有8人回复
最近在学习分子动力学模拟，不知道castep跑分子动力学效果如何呢？已经有12人回复

1楼 2014-10-14 21:12:09

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

angjzy

木虫 (小有名气)

应助: 5 (幼儿园)
金币: 1745.2
散金: 1491
红花: 5
帖子: 251
在线: 172.3小时
虫号: 647898
注册: 2008-11-06
专业: 药物材料

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wungung: 金币+3 2014-10-14 22:03:26
wungung: 金币+3 2014-10-15 08:47:15

是不是核数不能被整除，查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

2楼2014-10-14 21:58:19

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

angjzy

木虫 (小有名气)

应助: 5 (幼儿园)
金币: 1745.2
散金: 1491
红花: 5
帖子: 251
在线: 172.3小时
虫号: 647898
注册: 2008-11-06
专业: 药物材料

引用回帖:

4楼: Originally posted by wungung at 2014-10-14 22:04:42
另外，log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1，separate PME nodes 0...

如果你设置的总核数就是4个，那么应该没有问题，就是没有分给PME计算的核
那就还是系统没有最小化好

对照下面链接，检查错误
http://www.gromacs.org/Documenta ... _their_charge_group

5楼2014-10-14 22:42:49

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

angjzy

木虫 (小有名气)

应助: 5 (幼儿园)
金币: 1745.2
散金: 1491
红花: 5
帖子: 251
在线: 172.3小时
虫号: 647898
注册: 2008-11-06
专业: 药物材料

引用回帖:

4楼: Originally posted by wungung at 2014-10-14 22:04:42
另外，log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1，separate PME nodes 0...

或者贴一下你用的mdp

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wungung

6楼2014-10-14 22:47:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 1238.4
散金: 206
红花: 3
帖子: 253
在线: 108.7小时
虫号: 1046781
注册: 2010-06-24
性别: MM
专业: 细胞生物学研究中的新方法

我来凑个热闹...楼主，我对分子动力学原理懂得不多，我感觉报错里面说到的equilibration，和能量最小化，不是一回事儿啊。

我很喜欢计算机辅助药物设计

10楼2014-10-16 11:52:59

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 1238.4
散金: 206
红花: 3
帖子: 253
在线: 108.7小时
虫号: 1046781
注册: 2010-06-24
性别: MM
专业: 细胞生物学研究中的新方法

引用回帖:

11楼: Originally posted by wungung at 2014-10-17 08:56:55
唔……是的，应该是前者包含后者的关系吧。
按照官网上Errors的说法，not equilibration，主要是因为没有能量优化彻底，或者初始构型不好，等等的。...

在一些教程中，equilibration大概相当于让体系先跑一段时间的动力学，它跟能量最小化的差别，原理上说不明白，但表观上，equilibration的运行时间要比能量最小化长一些。我也是瞎支招，如果equilibration和能量最小化不是一回事，而问题出在没有equilibration上，一味做能量最小化也解决不了吧。
官网给出的解决方法确实，基本说的都是能量最小化，没怎么提equilibration。

我很喜欢计算机辅助药物设计

12楼2014-10-17 09:07:38

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

普通回帖

wungung

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2010.4
帖子: 37
在线: 8.9小时
虫号: 2662155
注册: 2013-09-17
性别: MM
专业: 中药学其他科学问题

引用回帖:

2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除，查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

师兄您好！我查看了log文件，里面显示Domain decomposition grid 4*1*1.
请问该怎么解决这个问题呢？

非常感谢您的帮助呀！

3楼2014-10-14 22:03:17

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wungung

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2010.4
帖子: 37
在线: 8.9小时
虫号: 2662155
注册: 2013-09-17
性别: MM
专业: 中药学其他科学问题

引用回帖:

2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除，查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

另外，log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1，separate PME nodes 0

4楼2014-10-14 22:04:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wungung

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2010.4
帖子: 37
在线: 8.9小时
虫号: 2662155
注册: 2013-09-17
性别: MM
专业: 中药学其他科学问题

送红花一朵

引用回帖:

6楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 22:47:40
或者贴一下你用的mdp...

师兄您好！我之前按照Gromacs官网里面Errors的指导修改了参数设置，仍然有这个问题。
我确实已经将能量最小化进行了很多遍，能量Fmax在70-80左右，Epot在4*10e-5了，如果是能量最小化的问题，不知该怎样继续降低能量啊？
下面是我进行位置限制动力学（res.mdp）和长程动力学（md.mdp）的mdp文件，还是麻烦师兄帮忙看一下，有没有问题……

非常感谢您的帮助！

» 本帖附件资源列表

欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
附件 1 : res.mdp

2014-10-15 08:42:51, 2.5 K

附件 2 : md.mdp

2014-10-15 08:45:25, 2.47 K

7楼2014-10-15 08:43:47

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

hc8850

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 807
帖子: 22
在线: 5.9小时
虫号: 3474417
注册: 2014-10-14
专业: 药物化学

我最近也在做分子动力学模拟，gromacs从零开始学习，能不能给我些gromacs的中文使用手册，还有一些资料啊。

8楼2014-10-15 22:32:28

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wungung

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2010.4
帖子: 37
在线: 8.9小时
虫号: 2662155
注册: 2013-09-17
性别: MM
专业: 中药学其他科学问题

引用回帖:

8楼: Originally posted by hc8850 at 2014-10-15 22:32:28
我最近也在做分子动力学模拟，gromacs从零开始学习，能不能给我些gromacs的中文使用手册，还有一些资料啊。

手册只有英文的啊。。。