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1楼 2014-10-14 21:12:09

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angjzy

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【答案】应助回帖

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wungung: 金币+3 2014-10-14 22:03:26
wungung: 金币+3 2014-10-15 08:47:15

是不是核数不能被整除，查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

2楼2014-10-14 21:58:19

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angjzy

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4楼: Originally posted by wungung at 2014-10-14 22:04:42
另外，log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1，separate PME nodes 0...

如果你设置的总核数就是4个，那么应该没有问题，就是没有分给PME计算的核
那就还是系统没有最小化好

对照下面链接，检查错误
http://www.gromacs.org/Documenta ... _their_charge_group

5楼2014-10-14 22:42:49

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angjzy

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4楼: Originally posted by wungung at 2014-10-14 22:04:42
另外，log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1，separate PME nodes 0...

或者贴一下你用的mdp

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wungung

6楼2014-10-14 22:47:40

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fanc232

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我来凑个热闹...楼主，我对分子动力学原理懂得不多，我感觉报错里面说到的equilibration，和能量最小化，不是一回事儿啊。

我很喜欢计算机辅助药物设计

10楼2014-10-16 11:52:59

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fanc232

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11楼: Originally posted by wungung at 2014-10-17 08:56:55
唔……是的，应该是前者包含后者的关系吧。
按照官网上Errors的说法，not equilibration，主要是因为没有能量优化彻底，或者初始构型不好，等等的。...

在一些教程中，equilibration大概相当于让体系先跑一段时间的动力学，它跟能量最小化的差别，原理上说不明白，但表观上，equilibration的运行时间要比能量最小化长一些。我也是瞎支招，如果equilibration和能量最小化不是一回事，而问题出在没有equilibration上，一味做能量最小化也解决不了吧。
官网给出的解决方法确实，基本说的都是能量最小化，没怎么提equilibration。

我很喜欢计算机辅助药物设计

12楼2014-10-17 09:07:38

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wungung

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2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除，查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

师兄您好！我查看了log文件，里面显示Domain decomposition grid 4*1*1.
请问该怎么解决这个问题呢？

非常感谢您的帮助呀！

3楼2014-10-14 22:03:17

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wungung

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2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除，查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

另外，log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1，separate PME nodes 0

4楼2014-10-14 22:04:42

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wungung

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6楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 22:47:40
或者贴一下你用的mdp...

师兄您好！我之前按照Gromacs官网里面Errors的指导修改了参数设置，仍然有这个问题。
我确实已经将能量最小化进行了很多遍，能量Fmax在70-80左右，Epot在4*10e-5了，如果是能量最小化的问题，不知该怎样继续降低能量啊？
下面是我进行位置限制动力学（res.mdp）和长程动力学（md.mdp）的mdp文件，还是麻烦师兄帮忙看一下，有没有问题……

非常感谢您的帮助！

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7楼2014-10-15 08:43:47

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hc8850

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我最近也在做分子动力学模拟，gromacs从零开始学习，能不能给我些gromacs的中文使用手册，还有一些资料啊。

8楼2014-10-15 22:32:28

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wungung

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8楼: Originally posted by hc8850 at 2014-10-15 22:32:28
我最近也在做分子动力学模拟，gromacs从零开始学习，能不能给我些gromacs的中文使用手册，还有一些资料啊。

手册只有英文的啊。。。