24小时热门版块排行榜    

查看: 2415  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wungung

金虫 (初入文坛)

[求助] GMX动力学一直跑不起来,急求帮助! 已有1人参与

各位师兄师姐,急求Gromacs跑动力学的帮助!

我跑的是双层脂质分子膜,已经进行了能量最小化,并且Fmax已经降到了100以内。
之后跑长程动力学一直提示这个错误,并且降低步长、核数仍然无法解决。
尝试跑位置限制动力学,把脂质的位置固定,也出现同样的错误。

不知这个该如何解决啊!求各位师兄师姐帮忙解决一下。非常感谢!

GMX动力学一直跑不起来,急求帮助!
newscreen1495395460.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

我来凑个热闹...楼主,我对分子动力学原理懂得不多,我感觉报错里面说到的equilibration,和能量最小化,不是一回事儿啊。
我很喜欢计算机辅助药物设计
10楼2014-10-16 11:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

angjzy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wungung: 金币+3 2014-10-14 22:03:26
wungung: 金币+3 2014-10-15 08:47:15
是不是核数不能被整除,查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“
2楼2014-10-14 21:58:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wungung

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除,查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

师兄您好!我查看了log文件,里面显示Domain decomposition grid 4*1*1.
请问该怎么解决这个问题呢?

非常感谢您的帮助呀!
3楼2014-10-14 22:03:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wungung

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除,查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

另外,log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1,separate PME nodes 0
4楼2014-10-14 22:04:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
信息提示
请填处理意见