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wungung

金虫 (初入文坛)

[求助] GMX动力学一直跑不起来,急求帮助! 已有1人参与

各位师兄师姐,急求Gromacs跑动力学的帮助!

我跑的是双层脂质分子膜,已经进行了能量最小化,并且Fmax已经降到了100以内。
之后跑长程动力学一直提示这个错误,并且降低步长、核数仍然无法解决。
尝试跑位置限制动力学,把脂质的位置固定,也出现同样的错误。

不知这个该如何解决啊!求各位师兄师姐帮忙解决一下。非常感谢!

GMX动力学一直跑不起来,急求帮助!
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wungung

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除,查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

另外,log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1,separate PME nodes 0
4楼2014-10-14 22:04:42
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angjzy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wungung: 金币+3 2014-10-14 22:03:26
wungung: 金币+3 2014-10-15 08:47:15
是不是核数不能被整除,查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“
2楼2014-10-14 21:58:19
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wungung

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2014-10-14 21:58:19
是不是核数不能被整除,查看一下log 文件
“Domain decomposition grid 8 x 6 x 3, separate PME nodes 48“

师兄您好!我查看了log文件,里面显示Domain decomposition grid 4*1*1.
请问该怎么解决这个问题呢?

非常感谢您的帮助呀!
3楼2014-10-14 22:03:17
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angjzy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wungung at 2014-10-14 22:04:42
另外,log里面显示Domain decomposition grid 4*1*1,separate PME nodes 0...

如果你设置的总核数就是4个,那么应该没有问题,就是没有分给PME计算的核
那就还是系统没有最小化好

对照下面链接,检查错误
http://www.gromacs.org/Documenta ... _their_charge_group
5楼2014-10-14 22:42:49
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