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wungung金虫 (初入文坛)
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GMX动力学一直跑不起来，急求帮助！ 已有1人参与
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各位师兄师姐，急求Gromacs跑动力学的帮助！ 我跑的是双层脂质分子膜，已经进行了能量最小化，并且Fmax已经降到了100以内。 之后跑长程动力学一直提示这个错误，并且降低步长、核数仍然无法解决。 尝试跑位置限制动力学，把脂质的位置固定，也出现同样的错误。 不知这个该如何解决啊！求各位师兄师姐帮忙解决一下。非常感谢！  newscreen1495395460.jpg |
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wungung
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4楼2014-10-14 22:04:42
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如果你设置的总核数就是4个，那么应该没有问题，就是没有分给PME计算的核 那就还是系统没有最小化好 对照下面链接，检查错误 http://www.gromacs.org/Documenta ... _their_charge_group |
5楼2014-10-14 22:42:49
