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wungung金虫 (初入文坛)
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GMX动力学一直跑不起来,急求帮助! 已有1人参与
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各位师兄师姐,急求Gromacs跑动力学的帮助! 我跑的是双层脂质分子膜,已经进行了能量最小化,并且Fmax已经降到了100以内。 之后跑长程动力学一直提示这个错误,并且降低步长、核数仍然无法解决。 尝试跑位置限制动力学,把脂质的位置固定,也出现同样的错误。 不知这个该如何解决啊!求各位师兄师姐帮忙解决一下。非常感谢! newscreen1495395460.jpg |
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wungung
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3楼2014-10-14 22:03:17
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如果你设置的总核数就是4个,那么应该没有问题,就是没有分给PME计算的核 那就还是系统没有最小化好 对照下面链接,检查错误 http://www.gromacs.org/Documenta ... _their_charge_group |
5楼2014-10-14 22:42:49













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