应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber跑动力学，晶体结构中的水能不能用限制力固定住
91/1返回列表
查看: 1397  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pujianbin

金虫 (著名写手)

[求助] amber跑动力学，晶体结构中的水能不能用限制力固定住 已有1人参与

amber跑动力学，晶体结构中的水能不能用限制力固定住？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-06-28 15:41:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beeMD

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在模拟的加温，和初平衡阶段，是没问题的，但如果做长时间的平衡，数据收集，这么做没有必要也没有意义，

BeeMD 开发团队
赞一下 回复此楼
2楼2014-06-28 16:57:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beeMD

新虫 (初入文坛)
在模拟的加温，和初平衡阶段，是没问题的，也最好是这么做，但如果做长时间的平衡，数据收集，这么做没有必要也没有意义，

BeeMD 开发团队
赞一下 回复此楼
3楼2014-06-28 16:58:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beeMD

新虫 (初入文坛)
除非，你有特殊用途，
赞一下 回复此楼
4楼2014-06-28 16:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pujianbin

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by beeMD at 2014-06-28 16:59:20
除非，你有特殊用途，

之前是蛋白和配体还有1000多个水分子的体系，QM-MM计算体系有一个能量值；现在配体的构象变了（动力学模拟得到）。我想算一下构象变了之后整个体系的能量，就是想把体系尽量保持一致，除了口袋部分
赞一下 回复此楼
5楼2014-06-28 17:44:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pujianbin

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by beeMD at 2014-06-28 16:59:20
除非，你有特殊用途，

水能固定吗？怎么固定啊
赞一下 回复此楼
6楼2014-06-28 17:46:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beeMD

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
pujianbin: 金币+2 2014-06-28 22:47:35
pujianbin: 金币+5 2014-06-28 22:48:31
你这个做法是对的，Amber里有position restraint,你可自行试试不同程度的约束，
公式，我们软件里有相应的介绍，你也可参考下，就是调constant K, 但不能太强
http://beemd.org/modar/commands/restrain.html
赞一下 回复此楼
7楼2014-06-28 18:33:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beeMD

新虫 (初入文坛)
可惜，我们目前没有QM模块，不然你用我们的软件就可以了，国内谁家有自主的QM模块，请大家引荐，我们急需!!!
赞一下 回复此楼
8楼2014-06-28 18:35:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beeMD

新虫 (初入文坛)
我们的MD包比Amber快些，也灵活些，但功能上没那么全，希望大家在时间都来帮忙做些开发
赞一下 回复此楼
9楼2014-06-28 18:37:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 pujianbin 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 8/400 2026-11-01 05:43 by YXM1FDCSE8Bn
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 05:41 by YXM1FDCSE8Bn
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 15/750 2026-11-01 05:22 by YXM1FDCSE8Bn
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 14/700 2026-11-01 05:17 by YXM1FDCSE8Bn
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 3/150 2026-11-01 04:04 by YXM1FDCSE8Bn
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 03:59 by YXM1FDCSE8Bn
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 03:56 by YXM1FDCSE8Bn
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 03:56 by YXM1FDCSE8Bn
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 10/500 2026-11-01 03:51 by YXM1FDCSE8Bn
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 03:46 by YXM1FDCSE8Bn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 16/800 2026-11-01 03:38 by YXM1FDCSE8Bn
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 20/1000 2026-11-01 03:33 by YXM1FDCSE8Bn
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 25/1250 2026-11-01 03:30 by YXM1FDCSE8Bn
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 4/200 2026-11-01 00:41 by YXM1FDCSE8Bn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 12/600 2026-11-01 00:15 by YXM1FDCSE8Bn
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 13/650 2026-10-31 17:12 by hKe7U1kad5Sg
[考博] 2027博士申请-临床检验诊断学、病原生物学、微生物方向 50+3 yyh@ 2026-10-28 4/200 2026-10-31 12:47 by 可淡不可忘
[基金申请] 论文的挂名怎么评判贡献？基金申请中，排名第一的挂名文章 +3 biily 2026-10-25 3/150 2026-10-30 18:33 by 旁观2020
[文学芳草园] 闲聊 +3 myrtle 2026-10-25 6/300 2026-10-29 15:28 by myrtle
[考博] 申博求助 20+3 Katrinae 2026-10-26 4/200 2026-10-27 09:56 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭