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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber跑动力学，晶体结构中的水能不能用限制力固定住
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pujianbin

金虫 (著名写手)

[求助] amber跑动力学，晶体结构中的水能不能用限制力固定住 已有1人参与

amber跑动力学，晶体结构中的水能不能用限制力固定住？
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1楼 2014-06-28 15:41:43
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beeMD

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在模拟的加温，和初平衡阶段，是没问题的，但如果做长时间的平衡，数据收集，这么做没有必要也没有意义，

BeeMD 开发团队
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2楼2014-06-28 16:57:26
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beeMD

新虫 (初入文坛)
在模拟的加温，和初平衡阶段，是没问题的，也最好是这么做，但如果做长时间的平衡，数据收集，这么做没有必要也没有意义，

BeeMD 开发团队
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3楼2014-06-28 16:58:25
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beeMD

新虫 (初入文坛)
除非，你有特殊用途，
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4楼2014-06-28 16:59:20
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pujianbin

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by beeMD at 2014-06-28 16:59:20
除非，你有特殊用途，

之前是蛋白和配体还有1000多个水分子的体系，QM-MM计算体系有一个能量值；现在配体的构象变了（动力学模拟得到）。我想算一下构象变了之后整个体系的能量，就是想把体系尽量保持一致，除了口袋部分
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5楼2014-06-28 17:44:28
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pujianbin

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by beeMD at 2014-06-28 16:59:20
除非，你有特殊用途，

水能固定吗？怎么固定啊
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6楼2014-06-28 17:46:24
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beeMD

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
pujianbin: 金币+2 2014-06-28 22:47:35
pujianbin: 金币+5 2014-06-28 22:48:31
你这个做法是对的，Amber里有position restraint,你可自行试试不同程度的约束，
公式，我们软件里有相应的介绍，你也可参考下，就是调constant K, 但不能太强
http://beemd.org/modar/commands/restrain.html
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7楼2014-06-28 18:33:44
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beeMD

新虫 (初入文坛)
可惜，我们目前没有QM模块，不然你用我们的软件就可以了，国内谁家有自主的QM模块，请大家引荐，我们急需!!!
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8楼2014-06-28 18:35:51
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beeMD

新虫 (初入文坛)
我们的MD包比Amber快些，也灵活些，但功能上没那么全，希望大家在时间都来帮忙做些开发
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9楼2014-06-28 18:37:47
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