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pujianbin

金虫 (著名写手)

[求助] amber跑动力学,晶体结构中的水能不能用限制力固定住 已有1人参与

amber跑动力学,晶体结构中的水能不能用限制力固定住?
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pujianbin

金虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by beeMD at 2014-06-28 16:59:20
除非,你有特殊用途,

之前是蛋白和配体还有1000多个水分子的体系,QM-MM计算体系有一个能量值;现在配体的构象变了(动力学模拟得到)。我想算一下构象变了之后整个体系的能量,就是想把体系尽量保持一致,除了口袋部分
5楼2014-06-28 17:44:28
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beeMD

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
在模拟的加温,和初平衡阶段,是没问题的,但如果做长时间的平衡,数据收集,这么做没有必要也没有意义,

BeeMD 开发团队
2楼2014-06-28 16:57:26
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beeMD

新虫 (初入文坛)

在模拟的加温,和初平衡阶段,是没问题的,也最好是这么做,但如果做长时间的平衡,数据收集,这么做没有必要也没有意义,

BeeMD 开发团队
3楼2014-06-28 16:58:25
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beeMD

新虫 (初入文坛)

除非,你有特殊用途,
4楼2014-06-28 16:59:20
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