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wungung

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by fanc232 at 2014-10-16 11:52:59
我来凑个热闹...楼主,我对分子动力学原理懂得不多,我感觉报错里面说到的equilibration,和能量最小化,不是一回事儿啊。

唔……是的,应该是前者包含后者的关系吧。
按照官网上Errors的说法,not equilibration,主要是因为没有能量优化彻底,或者初始构型不好,等等的。
11楼2014-10-17 08:56:55
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fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by wungung at 2014-10-17 08:56:55
唔……是的,应该是前者包含后者的关系吧。
按照官网上Errors的说法,not equilibration,主要是因为没有能量优化彻底,或者初始构型不好,等等的。...

在一些教程中,equilibration大概相当于让体系先跑一段时间的动力学,它跟能量最小化的差别,原理上说不明白,但表观上,equilibration的运行时间要比能量最小化长一些。我也是瞎支招,如果equilibration和能量最小化不是一回事,而问题出在没有equilibration上,一味做能量最小化也解决不了吧。
官网给出的解决方法确实,基本说的都是能量最小化,没怎么提equilibration。
我很喜欢计算机辅助药物设计
12楼2014-10-17 09:07:38
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wungung

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
12楼: Originally posted by fanc232 at 2014-10-17 09:07:38
在一些教程中,equilibration大概相当于让体系先跑一段时间的动力学,它跟能量最小化的差别,原理上说不明白,但表观上,equilibration的运行时间要比能量最小化长一些。我也是瞎支招,如果equilibration和能量最小 ...

是啊。之前动力学的问题,我经以为师兄指导,修改了一个参数跑起来了。现在也是在跑equilibration。
13楼2014-10-17 13:44:00
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