10楼: Originally posted by fanc232 at 2014-10-16 11:52:59
我来凑个热闹...楼主，我对分子动力学原理懂得不多，我感觉报错里面说到的equilibration，和能量最小化，不是一回事儿啊。

11楼: Originally posted by wungung at 2014-10-17 08:56:55
唔……是的，应该是前者包含后者的关系吧。
按照官网上Errors的说法，not equilibration，主要是因为没有能量优化彻底，或者初始构型不好，等等的。...

12楼: Originally posted by fanc232 at 2014-10-17 09:07:38
在一些教程中，equilibration大概相当于让体系先跑一段时间的动力学，它跟能量最小化的差别，原理上说不明白，但表观上，equilibration的运行时间要比能量最小化长一些。我也是瞎支招，如果equilibration和能量最小 ...