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wungung

金虫 (初入文坛)

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[求助] GMX动力学一直跑不起来，急求帮助！已有1人参与

各位师兄师姐，急求Gromacs跑动力学的帮助！

我跑的是双层脂质分子膜，已经进行了能量最小化，并且Fmax已经降到了100以内。
之后跑长程动力学一直提示这个错误，并且降低步长、核数仍然无法解决。
尝试跑位置限制动力学，把脂质的位置固定，也出现同样的错误。

不知这个该如何解决啊！求各位师兄师姐帮忙解决一下。非常感谢！

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1楼 2014-10-14 21:12:09

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fanc232

新虫 (小有名气)

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专业: 细胞生物学研究中的新方法

引用回帖:

11楼: Originally posted by wungung at 2014-10-17 08:56:55
唔……是的，应该是前者包含后者的关系吧。
按照官网上Errors的说法，not equilibration，主要是因为没有能量优化彻底，或者初始构型不好，等等的。...

在一些教程中，equilibration大概相当于让体系先跑一段时间的动力学，它跟能量最小化的差别，原理上说不明白，但表观上，equilibration的运行时间要比能量最小化长一些。我也是瞎支招，如果equilibration和能量最小化不是一回事，而问题出在没有equilibration上，一味做能量最小化也解决不了吧。
官网给出的解决方法确实，基本说的都是能量最小化，没怎么提equilibration。