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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中的mdp文件的编译问题
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十年磨练

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs中的mdp文件的编译问题 已有2人参与

学了一段时间的gromacs软件，但是一直对gromacs软件中mdp文件的编写存于迷茫期。不知道能量最小化、npt、nvt以及模拟阶段是的mdp文件如何编写。在各个不同阶段所用的mdp文件是不一样的，不知道每一个部分的mdp文件都必须包含哪些项，或者说有哪些项是默认的。比如说模拟步数的设定等等？

求各位同胞指导，在此先谢过了
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时刻保持虚心学习的态度
1楼 2014-11-06 10:43:11
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练: 金币+5 2014-11-07 17:11:02
手册第七章，参数看自己体系来设置，一般而言只要一个模板，自己改下参数，不用大改
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gromacs
2楼2014-11-06 11:14:06
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Cong2014

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练: 金币+8 2014-11-07 17:11:23
可以去GROMACS网站的Tutorial中下载一个mdp文件作为模板，里面基本所有参数设置都有。能量最小化和MD的区别是integrator不同，NPT有温度、压强耦合，NVT只有温度耦合。

具体的详见Mannual中Run Parameters部分。
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3楼2014-11-07 10:07:50
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 10:07:50
可以去GROMACS网站的Tutorial中下载一个mdp文件作为模板，里面基本所有参数设置都有。能量最小化和MD的区别是integrator不同，NPT有温度、压强耦合，NVT只有温度耦合。

具体的详见Mannual中Run Parameters部分。

好的，谢谢了
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时刻保持虚心学习的态度
4楼2014-11-07 17:10:48
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-11-06 11:14:06
手册第七章，参数看自己体系来设置，一般而言只要一个模板，自己改下参数，不用大改

那么常规来说，对于各个不同阶段所用的mdp文件（能量最小化、nvt、npt以及md模拟）有什么明显的区别。一般来说，各个文件中有哪些选项是有区别的？
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时刻保持虚心学习的态度
5楼2014-11-07 17:31:31
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 十年磨练 at 2014-11-07 17:31:31
那么常规来说，对于各个不同阶段所用的mdp文件（能量最小化、nvt、npt以及md模拟）有什么明显的区别。一般来说，各个文件中有哪些选项是有区别的？...

找模板对比一下就可以了
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gromacs
6楼2014-11-07 20:16:55
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2014-11-07 20:16:55
找模板对比一下就可以了...

哦，那好吧，谢谢了
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时刻保持虚心学习的态度
7楼2014-11-08 16:58:35
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