应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中的mdp文件的编译问题
71/1返回列表
查看: 2668  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

十年磨练

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs中的mdp文件的编译问题 已有2人参与

学了一段时间的gromacs软件，但是一直对gromacs软件中mdp文件的编写存于迷茫期。不知道能量最小化、npt、nvt以及模拟阶段是的mdp文件如何编写。在各个不同阶段所用的mdp文件是不一样的，不知道每一个部分的mdp文件都必须包含哪些项，或者说有哪些项是默认的。比如说模拟步数的设定等等？

求各位同胞指导，在此先谢过了
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
时刻保持虚心学习的态度
1楼 2014-11-06 10:43:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练: 金币+5 2014-11-07 17:11:02
手册第七章，参数看自己体系来设置，一般而言只要一个模板，自己改下参数，不用大改
赞一下 回复此楼
gromacs
2楼2014-11-06 11:14:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Cong2014

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练: 金币+8 2014-11-07 17:11:23
可以去GROMACS网站的Tutorial中下载一个mdp文件作为模板，里面基本所有参数设置都有。能量最小化和MD的区别是integrator不同，NPT有温度、压强耦合，NVT只有温度耦合。

具体的详见Mannual中Run Parameters部分。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-11-07 10:07:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 10:07:50
可以去GROMACS网站的Tutorial中下载一个mdp文件作为模板，里面基本所有参数设置都有。能量最小化和MD的区别是integrator不同，NPT有温度、压强耦合，NVT只有温度耦合。

具体的详见Mannual中Run Parameters部分。

好的，谢谢了
回复此楼
时刻保持虚心学习的态度
4楼2014-11-07 17:10:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-11-06 11:14:06
手册第七章，参数看自己体系来设置，一般而言只要一个模板，自己改下参数，不用大改

那么常规来说，对于各个不同阶段所用的mdp文件（能量最小化、nvt、npt以及md模拟）有什么明显的区别。一般来说，各个文件中有哪些选项是有区别的？
赞一下 回复此楼
时刻保持虚心学习的态度
5楼2014-11-07 17:31:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 十年磨练 at 2014-11-07 17:31:31
那么常规来说，对于各个不同阶段所用的mdp文件（能量最小化、nvt、npt以及md模拟）有什么明显的区别。一般来说，各个文件中有哪些选项是有区别的？...

找模板对比一下就可以了
赞一下 回复此楼
gromacs
6楼2014-11-07 20:16:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fangsteel at 2014-11-07 20:16:55
找模板对比一下就可以了...

哦，那好吧，谢谢了
回复此楼
时刻保持虚心学习的态度
7楼2014-11-08 16:58:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 十年磨练 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 14/700 2026-08-21 16:51 by applepetty
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 人气不行了 +7 fansofjerry 2026-08-21 7/350 2026-08-21 14:13 by Vivilian
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +23 yaoyewhu2008 2026-08-20 25/1250 2026-08-21 12:19 by Poppy1104
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭