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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 在进行NVT的时候生成许多step文件，一直出错，请大家多多指教
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

[求助] 在进行NVT的时候生成许多step文件，一直出错，请大家多多指教 已有2人参与

Fatal error:
A charge group moved too far between two domain decomposition steps
This usually means that your system is not well equilibrated
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1楼 2014-10-30 15:07:45
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Cong2014

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

“This usually means that your system is not well equilibrated”.好好做能量优化，在NVT时，改小积分步长、更新nlist频繁些。
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2楼2014-11-07 11:13:48
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 11:13:48
“This usually means that your system is not well equilibrated”.好好做能量优化，在NVT时，改小积分步长、更新nlist频繁些。

具体怎么搞，可否说的清楚明白些呢？谢谢回复亲
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3楼2014-11-07 15:47:26
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panda_wendao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

说明你的体系爆了，如果能排除是模型本身的问题，说明初始构想不好，需要做优化(em)
楼上说的已经挺具体，其实随便搜搜教程都有，基本就是:
约束重原子跑em，到fmax比较小
nve 在较低温度，较小时间步长平衡一段
再上npt，优化一下盒子的大小
再上nvt

没有定法，逻辑是先搞清楚体系初始哪里有问题，约束住其他，先优化那一点，慢慢松开约束，就不容爆掉。
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4楼2014-11-08 05:13:24
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by panda_wendao at 2014-11-08 05:13:24
说明你的体系爆了，如果能排除是模型本身的问题，说明初始构想不好，需要做优化(em)
楼上说的已经挺具体，其实随便搜搜教程都有，基本就是:
约束重原子跑em，到fmax比较小
nve 在较低温度，较小时间步长平衡一段 ...

(⊙o⊙)…好吧，谢谢你们了，我去改改看看
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5楼2014-11-08 10:22:48
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