应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 在进行NVT的时候生成许多step文件，一直出错，请大家多多指教
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1353  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

水儿CoCo

木虫 (小有名气)

[求助] 在进行NVT的时候生成许多step文件，一直出错，请大家多多指教 已有2人参与

Fatal error:
A charge group moved too far between two domain decomposition steps
This usually means that your system is not well equilibrated
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-10-30 15:07:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 11:13:48
“This usually means that your system is not well equilibrated”.好好做能量优化，在NVT时，改小积分步长、更新nlist频繁些。

具体怎么搞，可否说的清楚明白些呢？谢谢回复亲
赞一下 回复此楼
3楼2014-11-07 15:47:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

Cong2014

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

“This usually means that your system is not well equilibrated”.好好做能量优化，在NVT时，改小积分步长、更新nlist频繁些。
赞一下 回复此楼
2楼2014-11-07 11:13:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panda_wendao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

说明你的体系爆了，如果能排除是模型本身的问题，说明初始构想不好，需要做优化(em)
楼上说的已经挺具体，其实随便搜搜教程都有，基本就是:
约束重原子跑em，到fmax比较小
nve 在较低温度，较小时间步长平衡一段
再上npt，优化一下盒子的大小
再上nvt

没有定法，逻辑是先搞清楚体系初始哪里有问题，约束住其他，先优化那一点，慢慢松开约束，就不容爆掉。
赞一下 回复此楼
4楼2014-11-08 05:13:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by panda_wendao at 2014-11-08 05:13:24
说明你的体系爆了，如果能排除是模型本身的问题，说明初始构想不好，需要做优化(em)
楼上说的已经挺具体，其实随便搜搜教程都有，基本就是:
约束重原子跑em，到fmax比较小
nve 在较低温度，较小时间步长平衡一段 ...

(⊙o⊙)…好吧，谢谢你们了，我去改改看看
赞一下 回复此楼
5楼2014-11-08 10:22:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +6 相信必会光芒万� 2026-03-31 7/350 2026-04-02 23:16 by JourneyLucky
[考研] 282求调剂 +3 aaa车辆 2026-04-02 3/150 2026-04-02 21:55 by zllcz
[考研] 085602 找调剂 +3 逆时针快乐 2026-04-02 3/150 2026-04-02 21:23 by dongzh2009
[考研] 336求调剂 +6 kiyy 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:51 by Jaylen.
[考研] 298求B区调剂 +4 zzz，，r 2026-04-02 5/250 2026-04-02 12:17 by 土木硕士招生
[考研] 327求调剂 +9 汲亦昊 2026-03-29 9/450 2026-04-02 11:44 by 运气yunqi
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +3 cs0106 2026-04-02 5/250 2026-04-02 11:37 by olim
[考研] 289求调剂 +23 新时代材料 2026-03-27 26/1300 2026-04-02 10:29 by oooqiao
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 09:15 by olim
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 00:21 by 百秒光年
[考研] 0856，材料与化工321分求调剂 +13 大馋小子 2026-03-27 14/700 2026-04-01 15:58 by yanflower7133
[考研] 求调剂 +4 图鉴212 2026-03-30 5/250 2026-04-01 15:32 by 图鉴212
[考研] 材料与化工调剂一志愿大连海事085600，349 +9 吃的不少 2026-03-30 9/450 2026-04-01 11:24 by wangjy2002
[考研] 环境工程 085701，267求调剂 +15 minht 2026-03-29 16/800 2026-04-01 10:13 by li_sujuan99
[考研] 0710生物学求调剂！ +6 叙述文 2026-03-31 6/300 2026-04-01 09:39 by JourneyLucky
[考研] 一志愿浙江大学工科动力工程370,数一121,专业课135，现在能去哪里 +3 080700调剂 2026-03-30 4/200 2026-03-31 12:00 by KLMY666
[考研] 327求调剂 +5 小卡不卡. 2026-03-29 5/250 2026-03-30 19:30 by Wang200018
[考研] 293求调剂 +3 末未mm 2026-03-30 5/250 2026-03-30 17:23 by 王保杰33
[考研] 331环境科学与工程求调剂 +3 熠然好运气 2026-03-27 3/150 2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 调剂 +3 李嘉图·S·路 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:19 by wangjy2002
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭