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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

[求助] 在进行NVT的时候生成许多step文件,一直出错,请大家多多指教 已有2人参与

Fatal error:
A charge group moved too far between two domain decomposition steps
This usually means that your system is not well equilibrated
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panda_wendao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

说明你的体系爆了,如果能排除是模型本身的问题,说明初始构想不好,需要做优化(em)
楼上说的已经挺具体,其实随便搜搜教程都有,基本就是:
约束重原子跑em,到fmax比较小
nve 在较低温度,较小时间步长平衡一段
再上npt,优化一下盒子的大小
再上nvt

没有定法,逻辑是先搞清楚体系初始哪里有问题,约束住其他,先优化那一点,慢慢松开约束,就不容爆掉。
4楼2014-11-08 05:13:24
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Cong2014

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

“This usually means that your system is not well equilibrated”.好好做能量优化,在NVT时,改小积分步长、更新nlist频繁些。
2楼2014-11-07 11:13:48
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 11:13:48
“This usually means that your system is not well equilibrated”.好好做能量优化,在NVT时,改小积分步长、更新nlist频繁些。

具体怎么搞,可否说的清楚明白些呢?谢谢回复亲
3楼2014-11-07 15:47:26
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by panda_wendao at 2014-11-08 05:13:24
说明你的体系爆了,如果能排除是模型本身的问题,说明初始构想不好,需要做优化(em)
楼上说的已经挺具体,其实随便搜搜教程都有,基本就是:
约束重原子跑em,到fmax比较小
nve 在较低温度,较小时间步长平衡一段 ...

(⊙o⊙)…好吧,谢谢你们了,我去改改看看
5楼2014-11-08 10:22:48
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