应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 在进行NVT的时候生成许多step文件，一直出错，请大家多多指教
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1355  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

水儿CoCo

木虫 (小有名气)

[求助] 在进行NVT的时候生成许多step文件，一直出错，请大家多多指教 已有2人参与

Fatal error:
A charge group moved too far between two domain decomposition steps
This usually means that your system is not well equilibrated
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-10-30 15:07:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Cong2014

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

“This usually means that your system is not well equilibrated”.好好做能量优化，在NVT时，改小积分步长、更新nlist频繁些。
赞一下 回复此楼
2楼2014-11-07 11:13:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Cong2014 at 2014-11-07 11:13:48
“This usually means that your system is not well equilibrated”.好好做能量优化，在NVT时，改小积分步长、更新nlist频繁些。

具体怎么搞，可否说的清楚明白些呢？谢谢回复亲
赞一下 回复此楼
3楼2014-11-07 15:47:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panda_wendao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

说明你的体系爆了，如果能排除是模型本身的问题，说明初始构想不好，需要做优化(em)
楼上说的已经挺具体，其实随便搜搜教程都有，基本就是:
约束重原子跑em，到fmax比较小
nve 在较低温度，较小时间步长平衡一段
再上npt，优化一下盒子的大小
再上nvt

没有定法，逻辑是先搞清楚体系初始哪里有问题，约束住其他，先优化那一点，慢慢松开约束，就不容爆掉。
赞一下 回复此楼
4楼2014-11-08 05:13:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by panda_wendao at 2014-11-08 05:13:24
说明你的体系爆了，如果能排除是模型本身的问题，说明初始构想不好，需要做优化(em)
楼上说的已经挺具体，其实随便搜搜教程都有，基本就是:
约束重原子跑em，到fmax比较小
nve 在较低温度，较小时间步长平衡一段 ...

(⊙o⊙)…好吧，谢谢你们了，我去改改看看
赞一下 回复此楼
5楼2014-11-08 10:22:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 水儿CoCo 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京科技大学材料工程085601，求调剂 +11 cdyw 2026-04-02 11/550 2026-04-02 23:06 by 马儿快快地跑
[考研] 283分材料与化工求调剂 +19 罗KAKA 2026-04-02 19/950 2026-04-02 23:01 by 马儿快快地跑
[考研] 071000生物学调剂 +7 知昭蔓 2026-04-02 7/350 2026-04-02 21:47 by dongzh2009
[考研] 材料专硕322分 +10 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-02 10/500 2026-04-02 21:46 by dongzh2009
[考研] 366求调剂一志愿东北大学 +8 运气来得若有似� 2026-04-02 8/400 2026-04-02 21:39 by dongzh2009
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +18 bradoner 2026-04-01 22/1100 2026-04-02 19:25 by 帕尔马拉特
[考研] 26考研调剂 +4 Wnz.20030617 2026-04-01 5/250 2026-04-02 16:11 by 1939136013狗壮
[考研] 计算机265跨调环境 +5 Yumeng_6 2026-03-27 5/250 2026-04-02 10:54 by guanxin1001
[考研] 377求调剂 +3 RASKIN 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:45 by zzchen2000
[考研] 085410 一志愿211 22408分数359求调剂 +3 123456789qw 2026-03-31 4/200 2026-04-02 00:06 by 义文wang
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +19 1428151015 2026-03-27 19/950 2026-04-01 22:34 by peike
[考研] 283求调剂 +9 A child 2026-03-28 9/450 2026-04-01 14:20 by Jaylen.
[考研] 291求调剂 +3 迷蒙木木 2026-04-01 4/200 2026-04-01 11:07 by 逆水乘风
[考研] 288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行 +25 lllllos 2026-03-30 26/1300 2026-04-01 09:52 by 一只好果子?
[考研] 0856材料化工调剂 总分330 +18 zhubinhao 2026-03-27 18/900 2026-04-01 09:37 by oooqiao
[考研] 复试调剂 +7 双马尾痞老板2 2026-03-31 7/350 2026-03-31 19:49 by Dyhoer
[考研] 085601 329分调剂 +6 yzsa12 2026-03-31 6/300 2026-03-31 15:23 by yanflower7133
[考研] 085600，专业课化工原理，320分求调剂 +6 大馋小子 2026-03-29 6/300 2026-03-31 10:03 by 氯化亚硝酰
[考研] 291求调剂 +5 Y-cap 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:18 by mumin1990
[考研] 一志愿上海理工能源动力（085800）310分求调剂 +3 zhangmingc 2026-03-27 4/200 2026-03-27 19:01 by 给你你注意休息
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭