24小时热门版块排行榜    

申请当版主 | 存档区 |应助排行|模拟EPI排行 小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD 订阅

管理团队 (金币库 69390.8 充值 )

主管区长：
月只蓝小红豆
主管版主：
abinitio沙漠猎人

杰出贡献者

专家顾问：
pigrassoxox6085lsloneilbrucefanjerkwin
荣誉版主：
wuli8lei0736nono2009fegg7502ghcacjzzy870720zuuv2010御剑江湖yjcmwgkjiaoyixiongcenwanglaiben_ladengljw4010
荣誉成员：
余泽成
284811/29首页上一页91011121314下一页
全部 专家会诊 MS LAMMPS/DL_POLY Gromacs/Amber/NAMD DS/Sybyl/Autodock Monte Carlo ME/Gulp Hyperchem CPMD/CP2K 资源 其他 版务
回帖排序 发表排序 刷新页面  |  交流  |  求助  |  资源精华区 作者 最后发表
[热点] 有70后还继续奋斗在职场上的吗？ legendcd7688 2026-02-04 刚刚
[Gromacs ] 【讨论】minimizer出现问题 (评阅+2) (8/1908) memgr 2011-03-28 2015-10-20 12:05:18 by 小_书_虫_
[Gromacs ] [已完结]如何用gromacs模拟 pbc=xy? (评阅+1) (4/1707) kikumaru818 2014-03-28 2015-10-17 07:52:03 by japmail
[Gromacs ] [已完结]gromacs请问该如何设置pbc=xy的walls参数，以及盒子NPT变形的问题 (1/1298) 梦天堂的想者 2013-05-21 2015-10-17 07:36:18 by japmail
[Gromacs ] [已完结]请问哪些是极化力场，GROMOS 54A7是不是极化力场？ (2/1829) 白玉浴血 2015-10-16 2015-10-16 14:50:40 by 白玉浴血
[Gromacs ] [已完结]1-4 interaction between x and y is larger than the 1-4 table size (评阅+1) (5/711) little_lion 2014-04-17 2015-10-13 15:29:53 by limei921600
[Gromacs ] 坐标深圳，有本地或周边地区gromacs使用者有意交流探讨或指导下gmx使用心得？ (7/882) 吉米爱多 2015-10-11 2015-10-12 18:28:27 by 吉米爱多
[Gromacs ] [已完结]NAMD windows安装问题 (3/2626) sunjiachen 2015-10-11 2015-10-12 14:39:32 by sunjiachen
[Gromacs ] 哪位在天津超算算过？请进，求教~ (1/928) 吉米爱多 2015-09-25 2015-10-12 08:59:19 by fyuewen
[Gromacs ] 最近几天gromacs官网上不去了，什么情况？ (5/816) jxmer 2015-10-07 2015-10-11 23:58:29 by O123yh
[Gromacs ] [已完结]运算速度 (1/368) fantasy19841003 2015-10-10 2015-10-11 12:36:52 by fantasy19841003
[Gromacs ] [已完结]分子极化率 (0/1442) 七喜小志 2015-10-09 2015-10-09 19:36:48 by 七喜小志
[Gromacs ] 我想问一下用NAMD软件计算的虫友们，你们的力场参数文件是怎么弄得？    ( 1 2 ) (评阅+1) (14/3026) 红颜不美 2014-08-15 2015-10-08 13:42:11 by 红颜不美
[Gromacs ] [已完结]vmd如何构建双壁碳纳米管 (6/3205) xingyanfei 2012-11-27 2015-10-07 18:49:02 by juchengliang
[Gromacs ] [已完结]求助：RGD ligand可以用swiss param来生成topology和parameter文件么？ (0/690) 王小妞_haha 2015-10-07 2015-10-07 10:23:44 by 王小妞_haha
[Gromacs ] [已完结]求助 (评阅+1) (1/260) junzhang1989 2015-10-05 2015-10-07 08:43:48 by XYwinne
[Gromacs ] [已完结]加速 (0/310) fantasy19841003 2015-09-30 2015-09-30 16:24:09 by fantasy19841003
[Gromacs ] [已完结]请问gromacs中，PME和domain decomposition的关系是什么？ (3/1082) 吉米爱多 2015-09-27 2015-09-27 22:11:09 by 吉米爱多
[Gromacs ] 【求助】gromacs出现了一个问题 (评阅+1) (10/3093) zyj8119 2010-11-30 2015-09-26 09:32:04 by zhaimen
[Gromacs ] [已完结]Gromacs 溶剂可及表面（SAS）的计算源代码 (8/2251) Andsharia 2015-09-15 2015-09-25 21:46:07 by angjzy
[Gromacs ] [已完结]请问这里哪个是表示的剩余空间呢？ (6/824) 白玉浴血 2015-09-21 2015-09-25 15:58:06 by 白玉浴血
[Gromacs ] [已完结]请问有人使用density分析过数密度吗 (3/1378) 白玉浴血 2015-09-22 2015-09-24 23:52:08 by angjzy
[Gromacs ] [已完结]PEG修饰多肽进行动力学模拟，如何添加适于PEG模拟的GROMACS力场文件 (评阅+1) (7/1292) gsaac 2015-05-08 2015-09-23 18:06:58 by hongyexi
[Gromacs ] [已完结]请问这里的y轴是什么？ (0/208) 白玉浴血 2015-09-22 2015-09-22 10:03:48 by 白玉浴血
[Gromacs ] [已完结]动力学模拟后的蛋白结构显示问题 (2/864) anyachan 2015-08-21 2015-09-19 19:51:27 by MHSW
[Gromacs ] [已完结]linux系统下autodock4如何多核计算，以及gromacs里mdrun如何实现多核计算？ (6/1479) ly1171193313 2015-09-08 2015-09-18 13:58:29 by jinfan709
[Gromacs ] 非立方形盒子模拟注意哪些问题 (0/250) XYwinne 2015-09-17 2015-09-17 13:57:36 by XYwinne
[Gromacs ] 求推荐普通的服务器 (评阅+1) (8/1401) wo335979123 2015-09-08 2015-09-11 22:11:43 by zjwnn
[Gromacs ] [已完结]xmgrace的安装 (2/710) 飘渺青莲 2015-09-08 2015-09-09 09:32:07 by 飘渺青莲
[Gromacs ] [已完结]新手刚开始用amber，读入pdb文件时，出现下列提示，如何解决 (评阅+1) (2/1278) shenl891 2015-08-26 2015-09-07 08:50:03 by dingmei
[Gromacs ] [已完结]amber动力学RMSD值 (2/933) dingmei 2015-09-06 2015-09-07 08:40:21 by dingmei
[Gromacs ] [已完结]g_energy 中的#Surf*SurfTen的作用 (2/910) sxsfdx 2012-05-22 2015-09-06 14:01:03 by 程刚600
[Gromacs ] [已完结]模拟脂质体膜静电加和出错 (1/676) 莱维 2012-02-22 2015-09-05 06:43:44 by kamao
[Gromacs ] [已完结]VMD使用中遇到的问题 (0/399) 素君~~~ 2015-09-04 2015-09-04 17:23:40 by 素君~~~
[Gromacs ] 在gromsacs里加电场后就mdrun不起来了 (1/1788) Estheriii 2015-06-07 2015-09-04 13:21:53 by japmail
[Gromacs ] 关于gromacs的生成文件，cpt等的作用 (0/1245) 吉米爱多 2015-09-02 2015-09-02 17:28:37 by 吉米爱多
[Gromacs ] [已完结]如何在linux系统下安装VMD？ (0/4102) syd89522 2015-09-01 2015-09-01 14:01:33 by syd89522
[Gromacs ] [已完结]关于NAMD初学者有几个问题求解答？ (7/2395) 学员qhVMrx 2012-06-11 2015-09-01 07:05:25 by 素君~~~
[Gromacs ] [已完结]使用VMD中Metagui插件处理数据时出现问题 (0/592) 菲同寻常 2015-08-30 2015-08-30 15:25:47 by 菲同寻常
[Gromacs ] [已完结]MD分子模拟求界面张力公式，或者知道下面公式的的来源 (评阅+1) (1/550) 玖月之殇 2015-08-28 2015-08-29 13:07:02 by luzihen
[Gromacs ] [已完结]硒蛋白M （SELM） (2/432) 916756502 2015-08-25 2015-08-29 10:24:16 by 916756502
[Gromacs ] [已完结]求帮处理配体，做蛋白配体复合物分析 (2/751) frong 2015-08-27 2015-08-28 10:21:00 by 870277182
[Gromacs ] [已完结]求 gromacs 算例 (2/827) verylazybird 2015-08-26 2015-08-27 14:04:11 by verylazybird
[Gromacs ] 【讨论】讨论离子液体gromacs模拟的人太少了！！！    ( 1 2 ) (13/2352) 孟广昊 2011-04-11 2015-08-27 07:52:23 by japmail
[Gromacs ] amber跑出结果的结合自由能为正值，怎么破？    ( 1 2 ) (11/1754) 高桥FC 2015-08-26 2015-08-26 20:47:20 by 百步穿杨999
[Gromacs ] gromacs支持并行有没有最大核数限制？如果拿到超算中心算的话有没有限制？ (3/1325) 吉米爱多 2015-08-25 2015-08-26 08:18:40 by lsloneil
[Gromacs ] [已完结]用GMX做超声，实在不知道如何给局部体积的水分子加一个速度，求大神指点 (1/474) Terra白骨精 2015-08-25 2015-08-25 16:31:35 by abinitio
[Gromacs ] [已完结]怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象 (评阅+1) (3/2332) fxpy631 2015-08-16 2015-08-24 09:11:58 by fxpy631
[Gromacs ] [已完结][关贴]gromacs能量最小化之后，分子构型都变了！！ (0/1569) 992648352 2015-08-23 2015-08-23 17:03:10 by 992648352
[Gromacs ] [已完结]请问grace安装及.xvg文件作图的问题 (0/2156) reachsea 2015-08-22 2015-08-22 17:44:30 by reachsea
[Gromacs ] [已完结]mdrun -c file.pbd (2/527) reachsea 2015-08-21 2015-08-22 16:58:58 by reachsea
[Gromacs ] [已完结]模拟离子液体时离子对的3d结构能直接从pubchem等数据库下载吗？ (评阅+1) (9/2777) amo11000 2014-06-20 2015-08-19 17:46:13 by japmail
[Gromacs ] [已完结]分子动力学模拟中的重现性问题 (评阅+1) (4/1209) suibingkuai 2015-08-15 2015-08-16 17:09:25 by sciencejoy
[Gromacs ] [已完结]NAMD并行计算多少个核合适？ (2/800) 红颜不美 2015-08-14 2015-08-16 05:20:45 by smutao
[Gromacs ] [已完结]position restrain (0/514) zym765319199 2015-08-14 2015-08-14 19:00:00 by zym765319199
[Gromacs ] [已完结]关于布朗动力学模拟 (0/1059) linlin9 2015-08-11 2015-08-11 14:25:25 by linlin9
[Gromacs ] [已完结]求助Gromacs服务器 (评阅+1) (1/667) Vivian2020 2015-06-08 2015-08-07 15:00:31 by gentaigongbo
[Gromacs ] [已完结][关贴]Amber如何处理琥珀酸酐修饰酶上面的lys残基 (1/435) clareleelove 2015-07-28 2015-08-03 15:49:24 by clareleelove
[Gromacs ] [已完结]请问，怎么样生成oplsaa力场的top文件？ (评阅+1) (6/2743) chongyangwin 2014-05-21 2015-08-01 03:47:48 by 小学姐的学长
[Gromacs ] 大家有做gromacs膜蛋白的交流下啊 (5/1327) 469187892 2012-10-15 2015-07-20 21:15:48 by angjzy
[Gromacs ] 百度学术搜索分子模拟文献 (4/1523) 好好学习444 2015-06-19 2015-07-20 11:08:03 by 白鸿明
[Gromacs ] [已完结]itp文件 (3/2074) zym765319199 2015-07-16 2015-07-19 14:10:13 by zym765319199
[Gromacs ] [已完结]在AMBER中怎样保留晶体中的水分子进行动力学计算 (评阅+1) (2/730) aptor123 2014-11-30 2015-07-16 06:22:39 by therotyonth
[Gromacs ] [已完结]GROMACS中，怎么样将TIP4P水模型的参数修正，得到TIP4P/ICE的水模型？ (3/1207) 吉米爱多 2015-07-13 2015-07-15 18:06:09 by 实验准备中
[Gromacs ] 关于过渡金属硫化物（TMD）lennard jones/charge计算 (0/696) 戏剧 2015-07-08 2015-07-08 10:42:29 by 戏剧
[Gromacs ] [已完结]求助dcd 的SDF如何做？以及图中的SDF所用软件 (评阅+6) (5/1095) 兰S水晶 2014-02-20 2015-07-06 06:04:33 by jianchuanliu
[Gromacs ] [已完结]有关离子液体的力场参数问题 (1/1034) maijunlin 2015-06-17 2015-07-03 15:24:27 by franksha
[Gromacs ] [已完结]分析二面角分布 (dihedral angle distribution) (评阅+1) (4/2507) gn02530640 2015-04-22 2015-07-02 07:40:02 by 915384165
[Gromacs ] [已完结]用namd软件做SMD时出错，该如何解决！ (4/1022) lpz610 2012-10-06 2015-07-01 06:54:03 by 素君~~~
[Gromacs ] [已完结]gromacs中，一个小分子然后加水是如何操作的？ (评阅+1) (5/1433) lingogo 2015-05-03 2015-06-26 03:41:06 by 沐风雨林
[Gromacs ] [已完结]gromacs分析命令 (评阅+1) (1/854) Aimee6002 2015-05-13 2015-06-25 23:18:35 by angjzy
[Gromacs ] [已完结]请教VMD周期性显示问题 (1/3673) jolly1987 2015-06-23 2015-06-25 23:05:04 by angjzy
[Gromacs ] 【分享】可自动计算RMSD, RMSF和SASA的VMD插件 (4/3538) zh1987hs 2010-08-25 2015-06-25 10:11:13 by xbb20121991
[Gromacs ] 分子动力学模拟中PEO单元尺寸的大小设定 (0/659) jluzidane 2015-06-24 2015-06-24 23:38:44 by jluzidane
[Gromacs ] [已完结]关于ABF PMF计算结果 (1/1499) shabeir 2011-09-16 2015-06-24 14:47:06 by 红颜不美
[Gromacs ] [已完结]请问有人知道该怎么分析一个球形胶束周围分子与胶束表面的角度关系？ (0/428) 白玉浴血 2015-06-10 2015-06-10 20:46:32 by 白玉浴血
[Gromacs ] [已完结]Gromacs水中溶菌酶中的各种mdp文件在哪里下，教程里的连接失效了 (4/985) s1g2k3 2015-06-08 2015-06-08 21:52:35 by jerkwin
[Gromacs ] [已完结]我想要得到一个球形胶束的回转半径，但是出现以下错误，麻烦大神给看一下！ (0/492) 白玉浴血 2015-06-04 2015-06-04 10:33:00 by 白玉浴血
[Gromacs ] 生物背景的人，学习分子模拟需要补充什么知识？ (评阅+6) (4/1590) shjwu 2014-02-20 2015-06-04 10:27:01 by 好好学习444
[Gromacs ] 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场 (评阅+4) (8/3549) 御剑江湖 2011-04-07 2015-06-03 14:43:52 by 白玉浴血
[Gromacs ] [已完结]NAMD- replica exchange (0/512) 916756502 2015-05-30 2015-05-30 10:50:01 by 916756502
[Gromacs ] [已完结]关于Replica exchange molecular dynamics 方法的适用体系 (1/860) zhangtao_79 2013-01-22 2015-05-30 07:45:56 by 916756502
[Gromacs ] [已完结]gromacs计算出错 (0/415) 孜孜-- 2015-05-29 2015-05-29 16:03:01 by 孜孜--
[Gromacs ] [已完结]gromacs中使用amber立场怎么写膜的参数文件？ (2/400) 469187892 2012-12-27 2015-05-28 06:48:08 by xxj9618
[Gromacs ] [已完结]利用GROMACS怎么模拟药物小分子在脂膜中的分子动力学 (2/714) gaupay 2015-05-24 2015-05-25 20:54:54 by kindermoon
[Gromacs ] [已完结]VMD显示出问题如何解决 (评阅+1) (7/4219) 好好学习444 2014-12-30 2015-05-23 08:40:55 by 好好学习444
[Gromacs ] [已完结]Gromacs聚类分析中为什么RMSD相同却仍会被分成两类？ (0/1188) 水静花闲 2015-05-22 2015-05-22 18:30:30 by 水静花闲
[Gromacs ] [已完结]pdb文件打开二硫键 (6/1592) wanglang1987 2013-04-08 2015-05-20 21:12:49 by 贝叶竹青
[Gromacs ] [已完结]关于生物大分子方向的导师 (3/967) 血夜枭鹰 2015-05-08 2015-05-20 16:47:46 by fanc232
[Gromacs ] 分子模拟小白前来求教大家力场参数问题 (评阅+1) (4/1262) 吉米爱多 2014-05-23 2015-05-20 12:36:26 by 弄个大新闻
[Gromacs ] [已完结]SPC水模型的熔点问题 (评阅+1) (0/621) 吉米爱多 2015-05-19 2015-05-19 09:41:01 by 吉米爱多
[Gromacs ] [已完结]使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成    ( 1 2 ) (评阅+1) (18/2020) fanc232 2015-05-11 2015-05-16 08:31:26 by fanc232
[Gromacs ] [已完结]g_x2top 命令 Segmentation fault (core dumped) (评阅+1) (2/1635) 14B927045 2015-05-12 2015-05-13 10:24:50 by 14B927045
[Gromacs ] [已完结]Gromacs计算原子间距离及二面角求助~~ (评阅+1) (1/1186) 笨笨猫123 2015-05-11 2015-05-11 11:31:14 by 笨笨猫123
[Gromacs ] [已完结]NAMD-ABF的方法算自由能其结果分析 (评阅+1) (3/790) 红颜不美 2015-05-07 2015-05-11 09:31:04 by 红颜不美
[Gromacs ] [已完结]如何计算 两个原子间距离随时间的变化以及距离的分布 (5/4315) mengsk 2012-05-18 2015-05-11 06:12:51 by 笨笨猫123
[Gromacs ] [已完结]急求fftw3.3.1安装问题，解答    ( 1 2 ) (13/3149) friendy 2012-02-29 2015-05-09 12:56:50 by 刚果红
[Gromacs ] [已完结]gromacs中加入离子的个数计算问题 (评阅+1) (5/2582) 十年磨练 2014-07-22 2015-05-08 11:42:05 by xuxul
[Gromacs ] [已完结]Docking完成后的受体配体pdb分离 (评阅+1) (0/829) sexybook 2015-05-07 2015-05-07 17:37:49 by sexybook
[Gromacs ] 【求助】关于用细胞膜DPPC做小分子的穿膜模拟，有同道中人吗？ (评阅+1) (14/2088) wdali 2010-11-12 2015-04-30 17:13:08 by Vivian2020
[Gromacs ] [已完结]关于vmd加box后如何知道box信息的问题 (评阅+1) (2/1011) lifeisall 2015-04-29 2015-04-29 21:03:38 by lifeisall
284811/29首页上一页91011121314下一页
相关版块跳转
查看