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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用namd软件做SMD时出错，该如何解决！
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lpz610

金虫 (初入文坛)

[求助] 用namd软件做SMD时出错，该如何解决！

请问大家有谁是使用NAMD软件做SMD的，我在做一个体系的时候出现如下的错误提示，该如何解决。上次跑了75万步，感觉没跑完，所以这次设置了125万步，但是在97万步的时候出现错误提示。所要跑的步数有没有比较科学的设定方式，还是都是根据估计进行设置的。谢谢了！
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 607!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
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1楼 2012-10-06 10:41:25
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心出发

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-06 14:46:51
lpz610: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-10-06 14:56:17
你应该检查一下第607号原子是什么原子，你这种问题多半是拉的太快了，尝试把constraint去掉，用full flexible模型
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2楼2012-10-06 13:03:26
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lpz610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 心出发 at 2012-10-06 13:03:26
你应该检查一下第607号原子是什么原子，你这种问题多半是拉的太快了，尝试把constraint去掉，用full flexible模型

非常感谢！
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3楼2012-10-06 15:10:32
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lpz610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 心出发 at 2012-10-06 13:03:26
你应该检查一下第607号原子是什么原子，你这种问题多半是拉的太快了，尝试把constraint去掉，用full flexible模型

你好，我看了你的帮助，但是不知道你提到的full flexible 模型是？以前还试过其他速度下的SMD模拟，模拟步数未完成时也出错了，错误跟这个类似，只不过出错原子数不同。我自己的理解是对于RATTLE algorithm 没弄懂，不知道它涉及的内容对于这个体系的哪些内容有影响。另外应该是pcv.conf文件中的参数设置有问题，但是具体不知道是哪些有问题，而且我在配置文件中也没发现你所指的那个内容。麻烦你能不能再给点指点，不胜感激！
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4楼2012-10-08 10:53:53
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素君~~~

银虫 (小有名气)
楼主，我在做MD时出现了跟你一样的问题，不知道你现在解决了这个问题没，能不能给我一些指点呢
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在最值得奋斗的日子，好好学习，天天向上，这不也是一种幸福吧
5楼2015-07-01 09:54:03
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