应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用namd软件做SMD时出错，该如何解决！
51/1返回列表
查看: 1214  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lpz610

金虫 (初入文坛)

[求助] 用namd软件做SMD时出错，该如何解决！

请问大家有谁是使用NAMD软件做SMD的，我在做一个体系的时候出现如下的错误提示，该如何解决。上次跑了75万步，感觉没跑完，所以这次设置了125万步，但是在97万步的时候出现错误提示。所要跑的步数有没有比较科学的设定方式，还是都是根据估计进行设置的。谢谢了！
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 607!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-10-06 10:41:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

素君~~~

银虫 (小有名气)
楼主，我在做MD时出现了跟你一样的问题，不知道你现在解决了这个问题没，能不能给我一些指点呢
赞一下 回复此楼
在最值得奋斗的日子，好好学习，天天向上，这不也是一种幸福吧
5楼2015-07-01 09:54:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

心出发

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-06 14:46:51
lpz610: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-10-06 14:56:17
你应该检查一下第607号原子是什么原子，你这种问题多半是拉的太快了，尝试把constraint去掉，用full flexible模型
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-10-06 13:03:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lpz610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 心出发 at 2012-10-06 13:03:26
你应该检查一下第607号原子是什么原子，你这种问题多半是拉的太快了，尝试把constraint去掉，用full flexible模型

非常感谢！
回复此楼
3楼2012-10-06 15:10:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lpz610

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 心出发 at 2012-10-06 13:03:26
你应该检查一下第607号原子是什么原子，你这种问题多半是拉的太快了，尝试把constraint去掉，用full flexible模型

你好，我看了你的帮助，但是不知道你提到的full flexible 模型是？以前还试过其他速度下的SMD模拟，模拟步数未完成时也出错了，错误跟这个类似，只不过出错原子数不同。我自己的理解是对于RATTLE algorithm 没弄懂，不知道它涉及的内容对于这个体系的哪些内容有影响。另外应该是pcv.conf文件中的参数设置有问题，但是具体不知道是哪些有问题，而且我在配置文件中也没发现你所指的那个内容。麻烦你能不能再给点指点，不胜感激！
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-10-08 10:53:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-15 00:35 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 20:11 by KXypaGgBBlw7
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-14 12:51 by KXypaGgBBlw7
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-13 11:08 by Equinoxhua
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 13:02 by ECLTXnJnRSXf
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:51 by ECLTXnJnRSXf
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 5/250 2026-11-12 11:44 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 5/250 2026-11-12 11:44 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 09:52 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 09:46 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:43 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:24 by HajghKOMynmz
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 3/150 2026-11-12 07:53 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:36 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭