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xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] vmd如何构建双壁碳纳米管

vmd如何构建双壁碳纳米管，
我用nanotube.tcl，生成两个swnt然后将他两个合并，但是不对呀，总是两层连在一起呀，这个怎么办的呀！？
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1楼 2012-11-27 20:00:48
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xingyanfei: 金币+7, ★★★★★最佳答案 2012-11-28 09:13:23
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-11-28 10:40:14
1、我知道MS可以直接构建双层碳纳米管
2、VMD构建的时候，键两个直径大小不同的，中心轴相同即可，再合并呀

你说的“是两层连在一起呀”是什么意思？
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2楼2012-11-27 21:16:34
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-27 21:16:34
1、我知道MS可以直接构建双层碳纳米管
2、VMD构建的时候，键两个直径大小不同的，中心轴相同即可，再合并呀

你说的“是两层连在一起呀”是什么意思？

我想做出第二个（fenkai.jpg）图像的模型，这是（15.15）和（17.17）cnt,但是我把他们两个merge以后就出现第一个图像（hezhe.jpg）,我觉得层与层之间连接在一起了！用MS生成的如何生成psf文件呢？？

hezhe.jpg



fenkai.jpg
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3楼2012-11-27 21:28:04
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-27 21:16:34
1、我知道MS可以直接构建双层碳纳米管
2、VMD构建的时候，键两个直径大小不同的，中心轴相同即可，再合并呀

你说的“是两层连在一起呀”是什么意思？

这个是我用MS 弄的，保存成pdb，然后直接放到VMD中，然后就凌乱了成这个样子了，这个怎么办呢？？

ms2.jpg



ms1.jpg
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4楼2012-11-27 21:37:07
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-11-28 10:39:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-11-27 21:28:04
我想做出第二个（fenkai.jpg）图像的模型，这是（15.15）和（17.17）cnt,但是我把他们两个merge以后就出现第一个图像（hezhe.jpg）,我觉得层与层之间连接在一起了！用MS生成的如何生成psf文件呢？？

hezhe.jpg

f ...

很简单，很容易

你导入到VMD中的是pdb文件吧？
你在MS中建立的是pdb文件能正常显示，而到VMD中就连在一起，是因为VMD中的PDB文件显示的时候，内侧纳米管到外侧纳米管的距离小于VMD默认原子之间成键的距离。你试试建立一个外管直径比内管直径大多一些的模拟，就不会这样了。

要想把你 hezhe.jpg 正常显示成 fenkai.jpg那样，就需要你生成PSF文件，然后在VMD中同时导入PSF 和 PDB 文件。
具体怎么导入 PSF 和 PDB 文件，以及怎么生成psf文件，去看看VMD和NAMD 手册，讲的很清楚。论坛里也有很多资料。
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5楼2012-11-27 22:15:35
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-27 22:15:35
很简单，很容易

你导入到VMD中的是pdb文件吧？
你在MS中建立的是pdb文件能正常显示，而到VMD中就连在一起，是因为VMD中的PDB文件显示的时候，内侧纳米管到外侧纳米管的距离小于VMD默认原子之间成键的距离。你试 ...

确实是这个样子的，谢谢了！！！
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6楼2012-11-28 09:14:04
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juchengliang

新虫 (初入文坛)
能教教我怎么用VMD软件构建水分子在碳纳米管中运输么，急求，菜鸟级别，希望能给个详细过程，多谢了
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7楼2015-10-07 21:49:02
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