应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » vmd如何构建双壁碳纳米管
71/1返回列表
查看: 3290  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] vmd如何构建双壁碳纳米管

vmd如何构建双壁碳纳米管，
我用nanotube.tcl，生成两个swnt然后将他两个合并，但是不对呀，总是两层连在一起呀，这个怎么办的呀！？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
00fei00fei00fei00fei00fei00
1楼 2012-11-27 20:00:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xingyanfei: 金币+7, ★★★★★最佳答案 2012-11-28 09:13:23
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-11-28 10:40:14
1、我知道MS可以直接构建双层碳纳米管
2、VMD构建的时候，键两个直径大小不同的，中心轴相同即可，再合并呀

你说的“是两层连在一起呀”是什么意思？
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-27 21:16:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-27 21:16:34
1、我知道MS可以直接构建双层碳纳米管
2、VMD构建的时候，键两个直径大小不同的，中心轴相同即可，再合并呀

你说的“是两层连在一起呀”是什么意思？

我想做出第二个（fenkai.jpg）图像的模型，这是（15.15）和（17.17）cnt,但是我把他们两个merge以后就出现第一个图像（hezhe.jpg）,我觉得层与层之间连接在一起了！用MS生成的如何生成psf文件呢？？

hezhe.jpg



fenkai.jpg
赞一下 回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
3楼2012-11-27 21:28:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-27 21:16:34
1、我知道MS可以直接构建双层碳纳米管
2、VMD构建的时候，键两个直径大小不同的，中心轴相同即可，再合并呀

你说的“是两层连在一起呀”是什么意思？

这个是我用MS 弄的，保存成pdb，然后直接放到VMD中，然后就凌乱了成这个样子了，这个怎么办呢？？

ms2.jpg



ms1.jpg
赞一下 回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
4楼2012-11-27 21:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-11-28 10:39:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-11-27 21:28:04
我想做出第二个（fenkai.jpg）图像的模型，这是（15.15）和（17.17）cnt,但是我把他们两个merge以后就出现第一个图像（hezhe.jpg）,我觉得层与层之间连接在一起了！用MS生成的如何生成psf文件呢？？

hezhe.jpg

f ...

很简单，很容易

你导入到VMD中的是pdb文件吧？
你在MS中建立的是pdb文件能正常显示，而到VMD中就连在一起，是因为VMD中的PDB文件显示的时候，内侧纳米管到外侧纳米管的距离小于VMD默认原子之间成键的距离。你试试建立一个外管直径比内管直径大多一些的模拟，就不会这样了。

要想把你 hezhe.jpg 正常显示成 fenkai.jpg那样，就需要你生成PSF文件，然后在VMD中同时导入PSF 和 PDB 文件。
具体怎么导入 PSF 和 PDB 文件，以及怎么生成psf文件，去看看VMD和NAMD 手册，讲的很清楚。论坛里也有很多资料。
赞一下 回复此楼
5楼2012-11-27 22:15:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-27 22:15:35
很简单，很容易

你导入到VMD中的是pdb文件吧？
你在MS中建立的是pdb文件能正常显示，而到VMD中就连在一起，是因为VMD中的PDB文件显示的时候，内侧纳米管到外侧纳米管的距离小于VMD默认原子之间成键的距离。你试 ...

确实是这个样子的，谢谢了！！！
赞一下 回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
6楼2012-11-28 09:14:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

juchengliang

新虫 (初入文坛)
能教教我怎么用VMD软件构建水分子在碳纳米管中运输么，急求，菜鸟级别，希望能给个详细过程，多谢了
赞一下 回复此楼
7楼2015-10-07 21:49:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xingyanfei 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 26年申博自荐-计算机视觉 20+3 光亮我自己 2026-05-01 4/200 2026-05-03 09:01 by lfy8008
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-03 07:22 by jmr1kibhvw
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qs8kylt1wr 2026-05-01 4/200 2026-05-03 07:19 by jmr1kibhvw
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qs8kylt1wr 2026-05-01 4/200 2026-05-03 06:52 by jmr1kibhvw
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-03 06:34 by jmr1kibhvw
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-03 06:04 by jmr1kibhvw
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 d8tbypao1q 2026-05-01 4/200 2026-05-03 05:49 by w5idbsc3mz
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 4/200 2026-05-03 04:34 by w5idbsc3mz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 4/200 2026-05-03 03:51 by w5idbsc3mz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 4/200 2026-05-03 03:04 by w5idbsc3mz
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 k17zww5nna 2026-05-01 4/200 2026-05-03 02:06 by w5idbsc3mz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 k17zww5nna 2026-05-01 5/250 2026-05-03 02:04 by w5idbsc3mz
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 k17zww5nna 2026-05-01 5/250 2026-05-03 01:49 by w5idbsc3mz
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qs8kylt1wr 2026-05-01 4/200 2026-05-03 00:00 by 火炎焱燚炙烤
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-02 15:06 by zahslv263y
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-02 14:21 by zahslv263y
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-02 14:06 by zahslv263y
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 3/150 2026-05-02 09:36 by dz7y1p1i98
[考博] 药化及相关博士的申请 5+3 中药学渣 2026-04-29 3/150 2026-05-01 18:14 by babero
[基金申请] 收到国自然专家邀请后几年才会有本子送过来评 +3 barley5 2026-04-30 3/150 2026-04-30 14:58 by aspect3000
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭