| 查看: 2513 | 回复: 8 | ||
赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
Gromacs 溶剂可及表面（SAS）的计算源代码 已有1人参与
|
|
我在MS里计算的轨迹想在VMD里算亲水和疏水部分的溶剂可及表面（SAS） 现在遇到的问题是，在VMD里可以用measure sasa命令算整个分子的SAS，但是没法算各个部分对于SAS的贡献。就像gromacs里那样。 所以，我想看下gromacs里如何实现这一过程，却不知道在哪里查看源代码，请各位熟悉gromacs的帮忙 另，在VMD里如何算出各个部分对于SAS的贡献？ 或者谁知道如何将MS里的轨迹转化为pdb格式，这样我就可以在Gromacs里分析了。把xtd另存为pdb只能存当前帧构象，不是轨迹。 |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助，gromacs在加溶剂时无法生成top文件。
已经有6人回复
- Gromacs在定义盒子是分子出现在盒子外边
已经有10人回复
- gromacs跑能量最小化后蛋白四分五裂了
已经有3人回复
- gromacs如何模拟有机溶剂体系
已经有0人回复
- gromacs 膜动力学
已经有2人回复
- 利用Gromacs在做纯溶剂的md.mdp时，有一个关于温度耦合的设定没有明白，求指点！
已经有1人回复
- Gromacs计算甲醇溶剂体系，求过程中需要的甲醇分子.gro和.itp文件
已经有0人回复
- 怎么用gromacs模拟混合溶剂？跪求大牛指导。。。
已经有15人回复
- Gromacs与APBS联用问题
已经有0人回复
- 其他溶剂
已经有4人回复
- 【楼主分享了解决方案】：gromacs中坐标文件与top文件不匹配
已经有5人回复
- gromacs
已经有1人回复
- gromacs中MM-GBSA计算
已经有7人回复
- gromacs跑动力学时，水分子的影响
已经有3人回复
- gromacs grompp的时候出现如下错误
已经有4人回复
- gromacs进行复合物及单独小分子动力学
已经有0人回复
- Gromacs加入溶剂分子数目问题
已经有2人回复
- gromacs 隐式溶剂
已经有0人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【讨论】gromacs电荷不为整数
已经有6人回复
- 【求助】gromacs运算过程中出现的问题
已经有1人回复
- 【转帖】一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具
已经有109人回复
- 【分享】在gromacs中做蛋白质在有机溶剂DMSO中的模拟流程！
已经有17人回复
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 5866.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 701.3小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
2楼2015-09-16 10:13:45
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 5866.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 701.3小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
3楼2015-09-17 11:11:15
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 5866.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 701.3小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
4楼2015-09-21 09:22:37
angjzy
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 1745.2
- 散金: 1491
- 红花: 5
- 帖子: 251
- 在线: 172.3小时
- 虫号: 647898
- 注册: 2008-11-06
- 专业: 药物材料
5楼2015-09-23 21:13:34
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 5866.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 701.3小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
6楼2015-09-24 13:53:01
angjzy
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 1745.2
- 散金: 1491
- 红花: 5
- 帖子: 251
- 在线: 172.3小时
- 虫号: 647898
- 注册: 2008-11-06
- 专业: 药物材料
7楼2015-09-24 17:28:36
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 5866.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 701.3小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
8楼2015-09-25 09:09:49
angjzy
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 1745.2
- 散金: 1491
- 红花: 5
- 帖子: 251
- 在线: 172.3小时
- 虫号: 647898
- 注册: 2008-11-06
- 专业: 药物材料
9楼2015-09-25 21:46:07
