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赵红霞

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[求助] Gromacs 溶剂可及表面（SAS）的计算源代码已有1人参与

我在MS里计算的轨迹想在VMD里算亲水和疏水部分的溶剂可及表面（SAS）
现在遇到的问题是，在VMD里可以用measure sasa命令算整个分子的SAS，但是没法算各个部分对于SAS的贡献。就像gromacs里那样。
所以，我想看下gromacs里如何实现这一过程，却不知道在哪里查看源代码，请各位熟悉gromacs的帮忙
另，在VMD里如何算出各个部分对于SAS的贡献？

或者谁知道如何将MS里的轨迹转化为pdb格式，这样我就可以在Gromacs里分析了。把xtd另存为pdb只能存当前帧构象，不是轨迹。

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1楼 2015-09-15 14:15:36

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赵红霞

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我特别想知道在gromacs里，total SAS和各个部分的SAS贡献是如何得来的

在VMD里，先select，再measure，那么各个部分的SASA总和必定大于total SASA，因为原子重叠部分重复计算了。

然而，据说，在gromacs，只算一次total SASA，然后把它divide成各部分的SAS，如何divide？？