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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 其他溶剂
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huyingdamon

银虫 (小有名气)

[求助] 其他溶剂

gromacs中有水溶剂，我想用乙腈之类的溶剂，这个溶剂应该怎么做呢，我已经有了乙腈的gro文件，由prodrg生成，可是这只有一个乙腈分子的结构文件啊
请大家帮帮忙哈
感激不尽啊
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1楼 2013-07-14 12:30:38
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huyingdamon: 金币+5 2013-07-15 17:57:34
VMD的auto solvation box插件里面有个use nonstandard solvent
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2楼2013-07-15 01:21:51
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-07-15 01:21:51
VMD的auto solvation box插件里面有个use nonstandard solvent

谢谢哈 不过具体怎么为我所用啊，能详细的说下吗 谢谢了
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3楼2013-07-15 17:58:37
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-15 17:58:37
谢谢哈 不过具体怎么为我所用啊，能详细的说下吗 谢谢了...

你下一个VMD看到界面应该就会用了吧

不过这个只能处理PDB和PSF文件,可能要转换成GROMACS的格式
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4楼2013-07-15 21:48:06
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-07-15 21:48:06
你下一个VMD看到界面应该就会用了吧

不过这个只能处理PDB和PSF文件,可能要转换成GROMACS的格式...

谢谢了 我再研究下 还是不知道
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5楼2013-07-16 19:52:11
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