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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs加入溶剂分子数目问题
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xinji

铜虫 (小有名气)

[求助] Gromacs加入溶剂分子数目问题

请教各位，在一个box中，可以用genbox ****** -cs  ***** 加入溶剂，但是所加入的溶剂数目却无法确定，似乎是系统自定的 ，在进行模拟的时候，需要指定具体数目或具体密度吗？
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1楼 2011-11-21 17:16:57
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
xinji(金币+10): 2011-11-22 10:50:32
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-22 13:22:19
好像不需要确定溶剂分子的数目，只有加入药物的时候，需要指定分子的数目。
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2楼2011-11-21 20:09:36
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jawang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by xinji at 2011-11-21 17:16:57:
请教各位，在一个box中，可以用genbox ****** -cs  ***** 加入溶剂，但是所加入的溶剂数目却无法确定，似乎是系统自定的 ，在进行模拟的时候，需要指定具体数目或具体密度吗？

如果你要模拟的是一般情况的，就用默认的就好了。
但是如果你要模拟特殊情况的，比如高盐浓度下的时候，可以使用-nmol来指定个数
赞一下 回复此楼
3楼2011-11-22 12:04:43
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