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xinji

铜虫 (小有名气)

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[求助] Gromacs加入溶剂分子数目问题

请教各位，在一个box中，可以用genbox ****** -cs ***** 加入溶剂，但是所加入的溶剂数目却无法确定，似乎是系统自定的，在进行模拟的时候，需要指定具体数目或具体密度吗？

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心若在，梦就在！

1楼 2011-11-21 17:16:57

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jawang

木虫 (正式写手)

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引用回帖:

1楼: Originally posted by xinji at 2011-11-21 17:16:57:
请教各位，在一个box中，可以用genbox ****** -cs ***** 加入溶剂，但是所加入的溶剂数目却无法确定，似乎是系统自定的，在进行模拟的时候，需要指定具体数目或具体密度吗？

如果你要模拟的是一般情况的，就用默认的就好了。
但是如果你要模拟特殊情况的，比如高盐浓度下的时候，可以使用-nmol来指定个数

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3楼2011-11-22 12:04:43

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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★
xinji(金币+10): 2011-11-22 10:50:32
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-22 13:22:19

好像不需要确定溶剂分子的数目，只有加入药物的时候，需要指定分子的数目。

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2楼2011-11-21 20:09:36

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